サイエンスと学習

HITS-CLIP/CLIP-Seq/PTB-Seq

HITS-CLIP/CLIP-Seq/PTB-Seq RNA

RNase T1トリミングを用いたクロスリンクと免疫沈降（CLIP）は、最初にUleら1によって説明され、その後、ハイスループットシーケンスに適用されて、in vivoでタンパク質-RNA結合部位をマッピングしました。2このアプローチはRIP-Seqに似ていますが、クロスリンクを使用してタンパク質-RNA複合体を安定化します。

HITS-CLIPでは、RNAタンパク質複合体はUV架橋され、免疫沈降されます。タンパク質-RNA複合体をRNase T1で処理した後、プロテイナーゼKで処理します。RNAを抽出し、cDNAに逆転写します。cDNAのディープシーケンスは、RNA上のタンパク質結合部位の単一塩基分解能マッピングを提供します。

HITS-CLIPプロトコールの改善は、Gillenらによって発表され、ミスプライム発生によるアーチファクトが低減されました。3

 

 

その他のバージョン：iCLIP、irCLIP、eCLIP、miCLIP

長所：
  • クロスリンクはタンパク質とターゲットの結合を安定化します
  • UV架橋はin vivoで実施できます
  • RNase消化により、低いバックグラウンドと高い分離能の結合部位を提供
  • RNAの事前知識は必要ありません
  • ゲノムワイドRNAスクリーニング
短所：
  • ミスプライミングによるRT補体の過剰発現4
  • ターゲットに特異的な抗体ではない抗体は、非特異的な複合体を沈殿させる可能性があります。
  • UV架橋は効率的ではなく、タンパク質とRNAの密接な相互作用を必要とします
  • アーチファクトは架橋プロセス中に導入される場合があります
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