inDrop
inDrop
inDropは、ハイスループットシングルセルラベリングに使用されます。このアプローチはDrop-seqに似ていますが、ハイドロゲルミクロスフェアを使用してオリゴヌクレオチドを導入します。
細胞懸濁液からの単一細胞は、溶解バッファーを含む液滴に分離されます。細胞溶解後、細胞液滴は、細胞固有のバーコードを含むハイドロゲルミクロスフェアと融合され、別の液滴はRT用の酵素と融合されます。すべてのウェルからの液滴をプールし、RTの等温反応に供します。バーコードはポリ（A）+ mRNAにアニーリングし、逆転写酵素のプライマーとして機能します。各mRNA鎖に細胞固有のバーコードがあるので、液滴がプールされて壊れ、cDNAが精製されます。cDNA鎖の3'末端はアダプターにライゲーションされ、増幅され、インデックスプライマーにアニーリングされ、シーケンス前にさらに増幅されます。
同様の方法：CEL-Seq、Drop-seq、MARS-Seq、CytoSeq、Quartz-Seq、Hi-SCL。
長所：
- マイクロ流体システムを使用したハイスループットシングルセルトランスクリプトームプロファイリング
- より大容量のセルに拡張可能
- 断片化ステップなし
短所：
- 約7%の低いmRNAキャプチャー効率
- 液滴には、2つのセルまたは2つの異なるタイプのバーコードが含まれる場合があります
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