NET-Seq
MPE-Seq
MPE-seqは、メチジウムプロピル-EDTA（MPE）と鉄の複合体による核の処理を伴うクロマチンのゲノムワイドな特性評価のための方法です。MPE-Fe(II)複合体は、メチジウム部分のインターカレーションを介してDNAに結合し、酸素の存在下で一本鎖および二本鎖DNAの切断を生成します。1MPE-Fe(II)は、MNaseとは異なり、シーケンスバイアスがほとんどないヌクレオソーム間でリンカーDNAを優先的に切断します。例えば、RNAスプライス部位のDNA配列は、MNaseによる消化に過敏ですが、MPE-Fe(II)による消化に過敏ではありません。MPE-seqとMNase-Seqを併用することで、非標準的なクロマチン構造を同定できます。
長所：
- シーケンスバイアスはほとんどない
短所：
- 他のラボでは複製されません