NET-Seq
NGキャプチャー-C
NG Capture-Cは、3C-SeqとHi-Cの改良です。 これは、クロマチン相互作用の解析に使用される一連の手法を表しています。NG Capture-Cは、磁気ビーズを用いたビオチン化断片のプルダウンステップを3C法に複数追加します。プロトコールでは、ホルムアルデヒド固定に続いて制限酵素消化とライゲーションを使用して約10 kbのコンカタマーを形成します。DNAを抽出し、超音波処理します。インデックスアダプターが追加され、サンプルがプールされ、プルダウンにより精製され、PCR増幅されます。プルダウンステップとPCRステップを繰り返して、最大100万倍の濃縮を得ることができます。
長所：
- シスとトランスの相互作用を検出する高感度
- 低サンプルインプット要件
- ソニケーション処理されたキャプチャーフラグメントは、キャプチャーCと比較してコストを削減します
- ソニケーション処理されたキャプチャーフラグメントは、UMIとして機能し、PCRバイアスを低減します
短所：
- 報告なし