PRO-Seq
PRO-Seq
プレシジョン核ランオンシーケンス（PRO-Seq）は、RNAP活性部位を塩基対分解能でマッピングします。このアプローチはGRO-Seqに似ていますが、単一塩基分解能という付加的な利点があります。RNAPII開始サイトは、PRO-capという名前の修正プロトコールを使用してマッピングできます。
PRO-seqでは、ランオン反応はビオチン-NTP（4つすべて、またはコスト削減のためにラベルなしのNTPを追加したもの）で行われ、サルコシルは分離した核または透過化細胞で実行されます。単一ビオチン-NTPの取り込みにより、RNAPIIによる新生RNA鎖のさらなる伸長が停止されます。RNA鎖は、ストレプトアビジンプルダウンにより抽出、断片化、精製されます。次に、3'アダプターは、別のストレプトアビジン精製ステップの前に、精製されたサンプルに直接ライゲーションされます。5'末端は、5'アダプターをライゲーションする前に、TAPとPNKを使用して修復されます。アダプターで隣接したRNA断片は、RTおよびPCR増幅前の別のストレプトアビジンプルダウンプロセスによって濃縮されます。得られたcDNA鎖は3'末端からシーケンスされます。
長所：
- RNAPII一時停止サイトをベースペアの解像度でマッピング
- PCR前の複数のビオチンエンリッチメントステップ
- 開始部位は、PRO-capバリアントプロトコールを使用してマッピングできます
短所：
- 逮捕またはバックトラックされたRNAPII複合体を検出できない1
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