石英-Seq
石英-Seq
Quartz-Seq法は、単一細胞の全転写産物増幅（WTA）を最適化します。この方法では、まずT7プロモーターとPCRターゲットを含むRTプライマーを抽出mRNAに添加します。RTは一本鎖cDNAを合成し、その後RTプライマーはエキソヌクレアーゼIによって消化されます。次に、PCRターゲットを含むポリ（dT）プライマーとともに、一本鎖cDNAの3'末端にポリ（A）テールを添加します。2本鎖生成後、シーケンスに十分な量のPCR濃縮を確実にするためにブロッキングプライマーを添加します。ディープシーケンスにより、単一細胞のトランスクリプトーム全体を正確かつ高解像度で表現することができます。
同様の方法：CEL-Seq、Drop-seq、MARS-Seq、CytoSeq、inDrop、Hi-SCL。
長所：
- 自動化に適したシングルチューブ反応
- エキソヌクレアーゼIによるRTプライマーの消化により、副産物の増幅が排除されます
- 短い断片や副産物は濃縮中に抑制されます
短所：
- PCRバイアスはGCリッチテンプレートを過小評価する可能性がある
- ポリメラーゼによって引き起こされる増幅エラーは、誤って表され、シーケンスされます
- 500 bp未満のターゲットは、PCR中にポリメラーゼによって優先的に増幅されます
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