RC-Seq
RC-Seq
Retrotransposon capture sequencing（RC-Seq）は、レトロトランスポゾンの挿入をマッピングし研究するためのハイスループットプロトコルです。この方法では、ゲノムDNAが分画された後、DNA上のレトロトランスポゾン結合部位がマイクロアレイ上のトランスポゾン結合部位にハイブリダイズします。ディープシーケンスは、リファレンスシーケンスにアラインして、新規のレトロトランスポジションイベントを発見できる正確な情報を提供します。
長所：
- 新しい再帰的転位イベントをはっきりと特定し検出する能力
- 特に目的のトランスポゾン結合部位を研究できます
- ハイスループットプロトコル
短所：
- 異なるタイプのMEIには、異なるプライマーを用いた個別のPCR実験が必要です
- ハイブリダイゼーションエラーは、不要なDNA断片のシーケンスにつながる可能性があります
- PCRバイアスはGCリッチテンプレートを過小評価する可能性がある
- 同様のトランスポジション結合部位は