Safe-SeqS
Safe-SeqS
Safe-SeqS（Safe-SeqS）は、希少バリアントを検出するための固有の分子識別子（UMI）アプローチに与えられる名前です。2011年のメソッドの発表以来、特にシングルセルシーケンスアプローチでは、UMIの使用が普及していますが、メソッドの名前は使用できなくなっています。
Safe-Seqは、各テンプレート分子に固有識別子（UMI）を割り当て、一意にタグ付けされた各テンプレート分子を増幅してUMIファミリーを作成します。各UMIは、希少な変異と技術的エラーを区別するために使用でき、PCR増幅バイアスを補正するためにも使用できます。
長所：
- まれな変異と技術的エラーを区別する
- 5,000～1,000,000の野生型テンプレートから1つの変異型テンプレートを検出1
- PCR増幅バイアスの補正
短所：
- スプリアスクロスハイブリダイゼーションを導入できる
- ゲル精製ステップ2を必要とする複雑なプロトコール
- バーコード添加に2～4回のPCRサイクルを使用し、1つの固有のバーコードで各分子をラベル表示するという基本原則を満たさない3
- Safe-SeqS：Kinde I., Wu J., Papadopoulos N., Kinzler K. W. and Vogelstein B. (2011) 超並列シーケンスによる希少変異の検出と定量化。Proc Natl Acad Sci U S A 108：9530-9535
- 1. Kinde I., Bettegowda C., Wang Y., Wu J., Agrawal N., et al. （2013）卵巣がんおよび子宮内膜がんを検出するためのパパニコロウ検査からのDNAの評価。Sci Transl Med 5：167ra164
- 2. Stahlberg A., Krzyzanowski P. M., Jackson J. B., Egyud M., Stein L., et al. （2016）DNAのシンプルなマルチプレックスPCRベースのバーコードにより、シーケンスを使用したリキッドバイオプシーにおける高感度な変異検出が可能になります。核酸 Res 44: e105
- 3. Kukita Y., Matoba R., Uchida J., Hamakawa T., Doki Y., et al. （2015年）バーコードシーケンスを使用して同定された個々の分子のハイファイターゲットシーケンス：がん患者の形質細胞を含まないDNAにおける変異のde novo検出と絶対定量。DNA Res 22：269-277
- Dal Molin M., Zhang M., de Wilde R. F., Ottenhof N. A., Rezaee N., et al. （2015）膵がんの切除後の非常に長期の生存は、一般的に変異した遺伝子では説明されていません：全エクソームシーケンス解析の結果。Clin Cancer Res 21：1944-1950
- Eboreime J., Choi S. K., Yoon S. R., Arnheim N. and Calabrese P. (2016) Estimating Exceptionally Rare Germline and Somatic Mutation Frequencies via Next Generation Sequencing. PLoS One 11：e0158340
- Wang Y., Springer S., Mulvey C. L., Silliman N., Schaefer J., et al. （2015）頭頚部扁平上皮がん患者の唾液および血漿中の体細胞変異およびHPVの検出。Sci Transl Med 7：293ra104