SHAPE-Seqは、RNAに関する構造情報を提供します。この方法では、まずRNAの3'末端に固有のバーコードを添加し、事前に確立されたin vitro条件下でRNAを折り畳むことができます。バーコード化され折り畳まれたRNAは、RTを遮断する1-メチル-7-ニトロイサト酸無水物(1M7)であるSHAP試薬で処理されます。RNAはcDNAに逆転写されます。cDNAのディープシーケンスは、1M7が占める位置の単一ヌクレオチドシーケンス情報を提供します。その後、RNAの構造情報を推定することができます。