シェイプ-シーケンス

シェイプ-シーケンス

SHAPE-Seqは、RNAに関する構造情報を提供します。この方法では、まずRNAの3'末端に固有のバーコードを添加し、事前に確立されたin vitro条件下でRNAを折り畳むことができます。バーコード化され折り畳まれたRNAは、RTを遮断する1-メチル-7-ニトロイサト酸無水物(1M7)であるSHAP試薬で処理されます。RNAはcDNAに逆転写されます。cDNAのディープシーケンスは、1M7が占める位置の単一ヌクレオチドシーケンス情報を提供します。その後、RNAの構造情報を推定することができます。

長所:
  • RNA構造情報を提供
  • バーコード化されたRNAのマルチプレックス解析により、複数のRNAに関する情報が得られます
  • RNA構造に対する点変異の影響を評価可能
  • 質量分析、核磁気共鳴(NMR)、結晶学の代替
短所:
  • 転写酵素のドロップオフを説明するためにポジティブコントロールとネガティブコントロールが必要
  • RNAフォールディングには事前に確立された条件が必要
  • in vitroでの折り畳みは、in vivoでの実際の折り畳みを反映していない可能性があります