NGSアンプリコンデータの包括的な解析

フレキシブルなインフォマティクスツールがアッセイデザインからバリアント解析までをサポート

AmpliSeq for Illumina Informatics Solutions

AmpliSeqパネル用の完全なインフォマティクスソリューションで、簡単にシーケンス生データを意味のある結果に処理できます。生物学者のために設計された解析で、専用のコンピューティング設備やバイオインフォマティクスの専門知識を必要としません。

変異の詳細と生物学的解釈を含む有意義な報告書を作成できます。DNAとRNAアンプリコンパネルの両方のインフォマティクスソリューションが利用可能です。

  • DNAアンプリコンパネルを用いて、二次解析ワークフローで、リファレンスゲノムにリードをアライメントし、小さなバリアントをコールする
  • RNAアンプリコンパネルでは、二次解析ワークフローで、差次的発現解析および遺伝子融合をコールする
  • 三次解析では、キュレーション済みの公共またはプライベートのナレッジデータベースを利用して、変異、遺伝子融合、および示差的に発現した遺伝子に、生物学的背景を加える
ユーザーフレンドリーなアンプリコンデータ解析
 

装置上での解析が完了すると、BaseSpace Sequence HubおよびLocal Run Managerは、アンプリコンパネルのバリアントコールおよび発現差結果を作成します。

BaseSpace Sequence Hub

セットアップ、リアルタイムでのランのモニタリングやさまざまな解析アプリを用いたデータの管理や解析が行えます

  • シーケンスデータは、装置からクラウド上に直接転送される
  • データを標準形式に変換する
  • 社内のインフラストラクチャとツールを組み立てるよりも経済的
Local Run Manager

シーケンスランの作成、ランの状態のモニタリング、シーケンスデータの解析、結果表示ができる装置上のソリューション:

  • 装置上でデータ解析を自動的に実行
  • オプションのソフトウェアモジュールを使用して、さまざまなタイプのライブラリーの解析を実行

さらに下流の解析には、Basespace Variant InterpreterとBaseSpace Correlation Engineにより、結果に生物学的意義を追加してレポートを作成することができます。

BaseSpace Variant Interpreter

ヒトゲノムデータから生物学的に重要な変異体を迅速に同定する:

  • 幅広いソースを使用してデータに注釈を付け、結果を構造化レポートに要約
  • 全ゲノムシーケンスからターゲットシーケンスまでのすべてのアッセイタイプの変異体を解析
  • 60,000を超える手動でキュレーションされた関連物により、バリアントの解釈を高速化
BaseSpace Correlation Engine

目的の遺伝子および変異体に関連する遺伝子、実験、薬物、および表現型に関するデータの探索:

  • 疾患、薬物標的、および予後または予測バイオマーカーのメカニズムを同定する
  • 複数の研究およびデータタイプにわたって疾患の発症に役割を果たすパスウェイを見る
  • 薬物動態および毒性プロファイルの候補分子を解析する

 

サンプルから結果までのワークフロー

ランを設定し、進行状況をモニタリングし、結果をBaseSpace Sequence HubまたはLocal Run Managerで表示するプロセスを表示します。

 

NGSデータ品質を評価する

二次解析の結果を調べて、NGSランの品質を判断します。

 

変異解析

BaseSpace Variant Interpreterにデータをインポートし、注釈付き変異レポートを作成します。

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