Illumina Connected Analytics Cohorts

プライベートデータと公開データセットを組み合わせて、コホートを迅速に構築および調査する試験デザインツールです。

概要

Illumina Connected Analyticsに組み込まれているIllumina Connected Analytics Cohortsは、マルチオミクスデータと表現型データを1か所にまとめることで、コホートの解析を強化し、新しい研究の洞察を深めることができます。Illumina Connected Analytics Cohortsは以下を提供します。 

  • TCGA、Broad RGP、DRAGEN 1kGP、GEOを含む高度にキュレーションされた公開データセットへのアクセス 

  • 既存のコホートに新しいデータとフィルタリング基準を適用し最初から構築する必要性を排除 

  • シンプルな視覚ツールでコホートを選択し視覚化することで、複雑なクエリの必要性を排除 

  • 下流統計解析(GWAS、PheWAS)のためにコホート定義の完全性を確認するためのコホートの実現可能性解析 

データ構造化の簡素化

ゲノムデータと表現型データを組み合わせるデータモデルを活用し、カスタムローディングとデータ調整を行うプロフェッショナルサービスにアクセスします 

コホート基準の迅速な選択

ブラウザを使用して作成するコホートに適した被験者を見つけ、ゲノムデータと表現型データを統合して要約統計を確認します。 

ワークフローをシームレスに統合

DRAGEN パイプラインを含むワークフローに簡単にアクセスし、Illumina Connected Analytics Benchにエクスポートしてデータサイエンス研究を強化できます。 

コンプライアンス認証

ソフトウェアアップデート

Illumina Connected Analytics Cohorts v2.14.0アップデート

  • ゲノムビルドの検出と変換:コホートのマニュアルには、コホートにインポートする前にhg19/GRCh37 VCFをGRCh38に変換するためのセットアップ手順が記載されています 

  • 属性クエリ:コホート定義時の属性数値の範囲を選択する際のユーザーエクスペリエンスを改善しました 

  • コホートのICAプロジェクトデータへの出力:コホート定義基準に一致する被験者のリストをさらなる解析のためICAプロジェクトにエクスポートする際のユーザーエクスペリエンスを改善しました 

  • 解析の視覚化による被験者の選択:ニードルプロットの被験者数のリンクを選択することで、選択したバリアントまたは変異を持つ被験者のリストを表示することができます 

必要な製品

Illumina Connected Analyticsのライセンスが必要です。ICAコホートの保管または使用にはiCreditの追加料金はかかりません。

iCreditsの詳細はこちら  

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アプリケーション

Illumina Connected Analytics Cohortsは被験者レベルおよびサンプルレベルのメタデータと分子データを組み合わせ、創薬、がん研究などの幅広い用途のために、選択した個人のサブセットで三次解析を実行します。

ソフトウェア製品ポートフォリオ

1
ラボ
2
ラン
3
アナリティクス
4
洞察

関連するアプリケーションと手法

Illumina Connected Analytics Cohortsの使用による進歩

プランと価格

Illumina Connected Analyticsのライセンスが必要です。Illumina Connected Analytics Cohortsの保管または使用にはiCreditの追加料金はかかりません。

詳細はこちら:

* 250 iCreditは、30日間のお試し期間後に無効となります。 
** Universal Copy Serviceをサポートする制御用ソフトウェアを搭載するシステムに使用できます。すべての旧型システムにはご利用いただけません 

ドキュメント

製品資料

迅速かつ簡単なコホートの構築と調査

Illumina Connected Analytics Cohortsはコホートのゲノムデータおよび表現型データをフィルタリングし視覚化する使いやすいユーザーインターフェースを提供します。選択したコホート定義に基づく実現可能性解析のためのデータ比較を簡単に実行できます。 

リソース

ICA Cohorts Annual Subscription

20065842

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よくある質問

研究がIllumina Connected Analytics Cohortsにロードされている場合、お客様の管理者は共同研究者と研究を共有する権限を選択できます。

はい。プライベートデータはIllumina Connected Analytics Cohortにインポートし、独立して解析することも、公開データと組み合わせてコホート解析を拡張することもできます。

Illumina Connected Analytics Cohortsは、DNAシーケンス研究(一塩基変化、CNV、生殖系列、体細胞など)およびRNA-Seq研究(TPM、発現差異など)からのゲノムデータ、医療属性(人口統計学的特性、病歴、治療介入など)の表現型データ、公開データベース全体(TCGA、Broad RGP、DRAGEN 1kGP、GEOなど)で27,000を超える被験者レベルのデータセットをサポートしています。

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MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリーを調製するための、高速で統合されたワークフロー。

* 250 iCreditは、30日間のお試し期間後に無効となります。 
** Universal Copy Serviceをサポートする制御用ソフトウェアを搭載するシステムに使用できます。すべての旧型システムにはご利用いただけません 

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