CapSeq
CapSeq
CapSeqは転写開始部位の可能性をマッピングします。この方法では、全RNAをターミネーター5′-リン酸依存性エキソヌクレアーゼで処理してrRNAを分解し、仔牛腸内ホスファターゼ（CIP）で5′リン酸塩を除去し、タバコ酸ピロホスファターゼ（TAP）で処理して5′キャップを除去します。得られた長キャップRNAは、5′アダプターにライゲーションされます。一本鎖cDNAは、ランダムオクタマーのプールを使用してプライミングされ、サイズ選択後にシーケンスされます。シーケンスは、PolII遺伝子座の潜在的な転写開始部位を決定するのに役立ちます。
長所：
- RNAポリメラーゼIIに固定されたRNAをマッピング
短所：
- 複数のステップと処理により、材料の損失につながる可能性があります
- タバコ酸ピロホスファターゼ（TAP）
- 仔牛腸内ホスファターゼ（CIP）
- Aex熱不安定性アルカリホスファターゼ
- Hainer S. J., Gu W., Carone B. R., Landry B. D., Rando O. J., et al. （2015年）esBAFによる胚性幹細胞における広範なノンコーディング転写の抑制。遺伝子開発29：362-378
- Tsai H. Y., Chen C. C., Conte D., Jr., Moresco J. J., Chaves D. A., et al. （2015）リボヌクレアーゼは、RNAi中のsiRNA増幅とmRNA切断を調整します。セル160：407-419
- Mohn F., Sienski G., Handler D. and Brennecke J. (2014) The rhino-deadlock-cutoff complex licenses noncanonical transcription of dual-strand piRNA clusters in Drosophila. セル157：1364-1379
- Hainer S. J., Gu W., Carone B. R., Landry B. D., Rando O. J., et al. （2015年）esBAFによる胚性幹細胞における広範なノンコーディング転写の抑制。遺伝子開発29：362-378
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