CaptureSeq
CaptureSeq
CaptureSeqは、ゲノムの選択された領域に対してより高いシーケンスカバレッジを提供できるターゲットRNAシーケンス手法です。この方法は、TruSeq RNAサンプル調製プロトコールに従っており、mRNAは最初にポリ（A）選択によって全RNAから単離され、その後断片化されます。断片の二本鎖cDNAコピーは、逆転写酵素を使用して生成され、その後、p5およびp7アダプターにライゲーションされます。次に、これらのcDNAライブラリー断片はポリメラーゼ連鎖反応（PCR）によって増幅されます。特異性を高めるために、カスタムキャプチャープローブはcDNAにハイブリダイズされ、アレイに結合されますが、他の転写産物はPCR増幅の前に洗い流されます。このプロセスでは、シーケンスの準備が整ったターゲット断片が残ります。
長所：
- 新規エクソン、遺伝子、およびスプライスアイソフォームの発見に最適
短所：
- キャプチャーには250 ngの増幅cDNAを得るために大量のトータルRNA（5 μg）が必要です
- 反復シーケンスによる転写産物のカバレッジ精度の低下
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