TruSeq DNA Exomeには、2つの構成オプションがあります。これまでのTruSeq Exome Library Prep Kit（カタログ番号FC-150-1001、FC-150-1002、FC-150-1003およびFC-150-1004）は、TruSeq Exome Kitという新しい名称になり、完全なキット製品としてご利用できます。キットには、ライブラリー調製、インデックスアダプター、濃縮試薬およびエクソームパネルのすべてのイルミナ試薬が含まれています。イルミナのTruSeq DNA Library Prep KitとIDTのxGen exome enrichmentとの組み合わせを実現するために、主要コンポーネント（例えばライブラリー調製およびインデックスアダプター）は別売で購入できます。個別に購入できるコンポーネントの全リストは、「お客様のコンポーネントを選択」タブでご覧いただけます。IDTのxGen exome enrichmentのために必要な試薬の購入については、IDTにお問い合わせください。
TruSeq Exome Kit（旧称はTruSeq Exome Library Prep Kit）は、コスト効率のよいライブラリー調製およびエクソーム濃縮ソリューションです。この製品は以下を特長としています：
TruSeq Exome Kitは、12プレックスの濃縮前ライブラリープーリングをサポートしているため、1つのフローセルレーンにつき最大12ライブラリーのシーケンスを行って、シーケンススループットを最大化し、バリアントを同定することができます。さらに、ランごとにシーケンスできるエクソームが増えたことにより、予算を最大限に有効利用することが可能になります。
カバレッジ予測値の算出に関する詳細は、シーケンスカバレッジカルキュレーターをご覧ください。
効率よく経済的にエクソームシーケンスを行うために、TruSeq Exome Kitはオンターゲット率80%以上でのシーケンスリードを実現しています。TruSeq Exome Kitを、1塩基合成（SBS）テクノロジーに基づいたイルミナのシーケンサーと併用すれば、真のコーディング領域のバリアントを検出し、コールの偽陽性率および偽陰性率を最小限に抑えることができます。
イルミナでは、ライブラリー調製からデータ解析までをサポートする統合ワークフローを提供しています。このエクソームシーケンスワークフローを構成するすべてのステップのデザイン、最適化、および解析の検証は総合的に行われています。工程内のすべてのステップで、専門知識を有するイルミナのサイエンティストが技術および専門分野に関する単独サポートを行っています。
イルミナはお客様のワークフローの柔軟性を実現するためにモジュール製品をご提供しています。
イルミナは、xGen® Exome Research Panel v1.0を用いた統合されたエクソーム濃縮ソリューションを共同販売するためにIDTと協力しています。xGen® Exome Research Panel v1.0は、429,826の個別に合成され品質コントロールされたxGen Lockdown®プローブから構成されます。パネルはヒトゲノムの39 Mbターゲット領域（19,396遺伝子）に及び、51 Mbの包括的領域を網羅します。xGen Blocking Oligos（カタログ番号1075474、1075475、または1075476はTruSeq libraries用、Nextera libraries用はIDTにお問い合わせください）およびxGen Lockdown Reagents（カタログ番号1072280または1072281）も必要です。
IDT xGen Exome Research Panel v1.0の詳細はこちら
| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| NextSeq 550 System | ランあたりのサンプル数：中出力：3、高出力：12（5,000万リード、50×カバレッジ、4Gbのデータに基づく） | 2 × 75 bp（最大推奨） |
| NovaSeq 6000 System | ランごとのサンプル（デュアルフローセル）：S1：160、S2：320、S4：769（5,000万リード、50×カバレッジ、4 Gbのデータに基づく） | ≤ 2 × 100 bp |
| NovaSeq 6000 System | ランごとのサンプル（デュアルフローセル）：S1：160、S2：320、S4：769（5,000万リード、50×カバレッジ、4 Gbのデータに基づく） | ≤ 2 × 100 bp |
| TruSeq DNA Exome | Illumina DNA Prep with Enrichment | |
|---|---|---|
| アッセイ時間 | 2.5日 | 約6.5時間 |
| インプット量 | 100 ng ゲノムDNA | 高品質ゲノムDNA 10～1,000 ng、FFPE DNA 50～1,000 ng （血液および唾液については、リファレンスガイドを参照してください）。 |
| オンターゲットリード | 80%超 | 85%以上（エクソームパネルの場合）* |
| コンテンツ仕様 | コーディングエクソンをキャプチャーします。45 Mbのエクソンコンテンツ（RefSeq、CCDS、およびEnsemblコーディングコンテンツ98％以上）をカバーします。 | エクソーム：45 Mbのエクソンコンテンツ（RefSeq、CCDS、およびEnsemblコーディングコンテンツ98％以上） カスタム：対象ゲノムコンテンツ0.5～15 Mb 固定パネル：コンテンツはパネルによって異なります。 |
| ハンズオンタイム | 6時間 | 約2時間 |
| マルチプレックス | 最大12プレックスの濃縮反応 | 最大384のユニークデュアルインデックスを使用可能。最大12プレックスの濃縮前プーリングをテスト。 |
| 作用機序 | ビオチン化キャプチャープローブによる機械的断片化（共変量）およびエクソーム濃縮 | ビーズ結合トランスポソームおよびハイブリッドキャプチャー化学 |
| 均一性 | 85％超（4 Gbで20xのカバレッジ） | 90％以上（4 Gbで20xのカバレッジ、エクソームパネルの場合） |
| 方法 | エクソームシーケンス | ターゲットエンリッチメント, カスタムシーケンス, エクソームシーケンス, ターゲットエンリッチメント, ターゲットDNAシーケンス |
| 生物種カテゴリー | ヒト | ヒト, その他 |
| 説明 | RefSeq、CCDS、Ensemblコーディングコンテンツの98%以上に焦点を当てた費用対効果の高いエクソーム研究ワークフロー。 | 全エクソーム、カスタム、固定パネルのターゲットシーケンスを可能にする高速で柔軟な研究ソリューション。 |
効率よく経済的にエクソームシーケンスを行うために、TruSeq Exome Kitはオンターゲット率80%以上でのシーケンスリードを実現しています。
| カタログ | サンプル合計 | 濃縮反応数 | インデックスアダプター |
|---|---|---|---|
| 20020614 | 24 | 8 | 24シングルインデックス（セットAおよびセットB） |
| 20020615 | 96 | 8 | 96コンビナトリアルデュアルインデックス |
Data Sheet | PDF | 5 versions
Illumina Exomes Comparative Table
Product Information Sheet | PDF < 1 MB
Evaluating DNA Quality from FFPE Samples
Technical Note | PDF < 1 MB
Sequencing Library qPCR Quantification Guide Documentation
TruSeq Exome Library Prep Reference Guide Documentation
TruSeq DNA Exome Consumables & Equipment Documentation
TruSeq DNA Exome Checklist Documentation
TruSeq Exome Library Prep Checklist Documentation
TruSeq Exome Library Prep Consumables and Equipment List Documentation
カスタムパネル、固定パネル、全エクソーム濃縮のためのターゲットリシーケンスを提供する幅広いアプリケーションに対応した迅速な統合ワークフロー。
