CEL-Seq
CEL-Seq
CEL-Seqは、RNAのバーコード化とプーリングを使用して、低インプットからの課題を克服します。この方法では、各細胞は、それぞれのチューブに固有のバーコード付きプライマーを用いてRTを受けます。二本鎖合成後、すべての反応チューブからのcDNAがプールされ、PCR増幅されます。PCR産物のペアエンドディープシーケンスにより、両方の鎖から得られるシーケンス情報の正確な検出が可能になります。
同様の方法：CEL-Seq2、Quartz-Seq、Drop-seq、MARS-Seq、CytoSeq、inDrop、Hi-SCL
長所：
- バーコード化とプーリングにより、一度に多くの異なる単一細胞をマルチプレックス化して研究することができます
- 1セルあたり1本のチューブを使用するため、二次汚染が大幅に減少
- シングルセルタグ付き逆転写シーケンス（STRT-Seq）よりも少ないステップ
- リード長バイアスはほとんどない
- ストランド固有
短所：
- 強い3'バイアスがある1
- 豊富な転写産物が優先的に増幅されます
- 少なくとも400 pgのトータルRNAが必要
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