サイエンスと学習

ChIP-Seq/ChIP-exo/HT-ChIP

ChIP-Seq/ChIP-exo/HT-ChIP

ChIP-Seqは、特定のタンパク質結合部位をマッピングするための定評のある手法です。AHT-ChIP-Seq 1 、BisChIP-Seq 2 、CAST-ChIP 3 、ChIP-BMS 4 、ChIP-BS-seq 5 、ChIPmentation 6 、Drop-ChIP 7 、Mint-ChIP 8 、PAT–ChIP 9 、reChIP-seq 10 、scChIP-seq 11 、X-ChIP 12 など、膨大な数の誘導体が生まれています。シーケンシャルChIP-seq（reChIP）は、クロマチン上の異なるタンパク質の関連性を示すこともできます13。

この方法では、DNA-タンパク質複合体はin vivoで架橋されます。次に、サンプルを断片化し、エキソヌクレアーゼで処理して、結合していないオリゴヌクレオチドをトリミングします。タンパク質特異的な抗体を用いて、DNA-タンパク質複合体を免疫沈降させます。DNAは抽出、精製、シーケンスされ、タンパク質結合部位の高解像度シーケンスが得られます。

長所：
  • タンパク質結合部位の塩基対分解能
  • 特定の制御因子やタンパク質をマッピングできる
  • エクソヌクレアーゼの使用により、非結合DNAによる汚染が除去されます14
短所：
  • 非特異的抗体は、目的のDNA-タンパク質複合体のプールを希釈することができます
  • ターゲットタンパク質は既知でなければならず、抗体を産生できる必要があります
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