CIP-TAP

CIP-TAP

CIP-TAPは、キャップされた低分子RNAをマッピングします。この方法では、RNAはCIPで処理され、続いて3'末端リンカーライゲーションが行われます。次に、RNAをTAPで処理し、続いて5'末端リンカーライゲーションを行います。断片はcDNAに逆転写され、PCR増幅され、シーケンスされます。ディープシーケンスは、キャップされた低分子RNAの単一ヌクレオチド分解能リードを提供します。

長所:
  • CAP-Seqで見逃されたキャップ付き低分子RNAを同定
  • ハイスループット
短所:
  • 非線形PCR増幅は、再現性に影響を与えるバイアスにつながる可能性があります
  • ポリメラーゼによる増幅エラー