FRAG-Seq

FRAG-Seq

断片化シーケンス(FRAG-Seq)は、RNA構造を探索するための方法です。この方法では、RNAはヌクレアーゼP1を使用して消化され、その後逆転写されます。cDNAのディープシーケンスは、P1エンドヌクレアーゼ消化部位をマッピングしてRNAの構造を決定するために使用できる高解像度の一本鎖リードを提供します。

長所:
  • PARS-Seqと比較してシンプルで迅速なプロトコール
  • ハイスループット
  • 質量分析、NMR、結晶学の代替
短所:
  • 内因性コントロールが必要
  • サンプルとコントロール間のコンタミネーションの可能性