NET-Seq
HTGTS
HTGTSは、哺乳類細胞における転座メカニズムを研究するために開発されました。このアプローチは、AID依存性IgHクラススイッチ（HTGTS-Rep-seq）およびCRISPR/Cas9ゲノム修飾の研究に特に適しています。HTGTS-Rep-seqでは、B細胞集団からのゲノムDNAがソニケーションされ、Jセグメントの下流でアニーリングするビオチン化プライマーで直線的に増幅されます。ビオチン標識一本鎖DNA産物はストレプトアビジンビーズで濃縮され、3’末端は6ヌクレオチドのUMIを含むブリッジアダプターにライゲーションされます。
長所：
- 全ゲノムシーケンスと比較して高い効率
短所：
- DSBの頻度を過小評価する1
- クロマチンアクセシビリティによる制限 2
- HTGTS：Chiarle R., Zhang Y., Frock R. L., et al. ゲノムワイドな転座シーケンスにより、B細胞における染色体の切断と再構成のメカニズムが明らかになります。セル。2011;147:107-119
- HTGTS-Rep-Seq：Lin S. G.、Ba Z.、Du Z.、Zhang Y.、Hu J.、Alt F. W.。抗体レパートリーを解明するための高感度で偏りのないアプローチ。Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113:7846-7851
- HTGTS CRISPR/Cas9：Mei Y.、Wang Y.、Chen H.、Sun Z. S.、Ju X. D.、CRISPR/Cas9テクノロジーにおける最近の進歩。J Genetゲノミクス。2016;43:63-75
- 1. Hu J., Meyers R. M., Dong J., Panchakshari R. A., Alt F. W. and Frock R. L. 線形増幅媒介ハイスループットゲノムワイド転座シーケンスによる哺乳類ゲノムのDNA二本鎖切断の検出。ナットの試作品 2016;11:853-871
- 2. Kim D., Bae S., Park J., et al. Digenome-seq：ヒト細胞におけるCRISPR-Cas9オフターゲット効果のゲノムワイドプロファイリング。Nat Methods. 2015;12:237-243, 231 p following 243
- Schwer B., Wei P. C., Chang A. N., et al. 転写関連プロセスでは、神経幹/前駆細胞にDNA二本鎖切断と転座が生じます。Proc Natl Acad Sci U S A. 2016;113:2258-2263
- Frock R. L., Hu J., Meyers R. M., Ho Y. J., Kii E. and Alt F. W. Genome-wide detection of DNA double-stranded breaks induced by engineered nucleases. Nat Biotechnol. 2015;33:179-186