Ig-Seq/Rep-Seq/MAF
Ig-Seq/Rep-Seq/MAF
Rep-Seqは、レパートリーシーケンステクノロジーの総称です。免疫グロブリン遺伝子のDNAシーケンス（Ig-seq）および分子増幅フィンガープリンティング（MAF）
Ig-seqでは、再構成V領域遺伝子（VDJ遺伝子組換え）に相補的なプライマーを用いて実施されるターゲットgDNA増幅法です。次に、適切な5’プライマーを用いてcDNAの増幅を行います。スループットは高いですが、バルク解析では、同じ細胞でどのVH鎖とVL鎖がペアになったかに関する情報が失われます。これは、細胞がバルクで溶解し、VH遺伝子とVL遺伝子が別々の反応で増幅されるためです。MAF（下図）は、マルチプレックスPCR増幅の前と最中にUIGタグとバイオインフォマティクスパイプラインを使用して、Ig-seqの増幅バイアスを修正するために開発されました。
長所：
- 最大99%の精度で抗体頻度を測定
短所：
- データ解析は難しい1
- バルク解析では、どのVH鎖とVL鎖が同じセルでペアになっているかに関する情報が失われます
- Ig-Seq：Vollmers C., Sit R. V., Weinstein J. A., Dekker C. L. and Quake S. R. (2013) 抗体レパートリーシーケンスを用いたメモリーB細胞リコールの遺伝子測定。Proc Natl Acad Sci U S A 110：13463-13468
- MR-Seq：Benichou J., Ben-Hamo R., Louzoun Y. and Efroni S. (2012) Rep-Seq：次世代シーケンスによる免疫レパートリーの解明。免疫学135：183-191
- MAF：Khan T. A., Friedensohn S., Gorter de Vries A. R., Straszewski J., Ruscheweyh H. J., et al. （2016）分子増幅フィンガープリンティングによる正確で予測可能な抗体レパートリープロファイリング。Sci Adv 2：e1501371
- 1. Georgiou G., Ippolito G. C., Beausang J., Busse C. E., Wardemann H., et al. (2014) 抗体レパートリーのハイスループットシーケンスの有望性と課題。Nat Biotechnol 32：158-168