NET-Seq

NET-Seq

NET-Seqは、3' RNAのキャプチャーを通して、初期の能動的に転写されたRNAPII RNAを検出します。この方法では、RNAPII伸長複合体が免疫沈降され、RNAが抽出され、cDNAに逆転写されます。cDNAのディープシーケンスにより、新生RNAの3'末端シーケンスが可能になり、転写産物のヌクレオチド分解能マッピングが可能になります。

長所:
  • 新生RNA結合タンパク質のマッピング
  • 転写はヌクレオチド分解能でマッピングされます
短所:
  • ターゲットに特異的な抗体は、非特異的な複合体を誘発します
  • 18 nt以上の新生RNAが必要1
  1. トランスクリプトーム解析用のHrdlickova R.、Toloue M.、Tian B. RNA-Seqメソッド。Wiley Interdiscip Rev RNA. 2017;8:n/a-n/a
  2. Murakawa Y., Yoshihara M., Kawaji H., Nishikawa M., Zayed H., et al. 転写エンハンサーの同定が強化されたことで、疾患に対するメカニズムの洞察が得られます。Trends Genet. 2016;32:76-88
  3. Zhang J.とLandick R. A Two-Way Street:RNAポリメラーゼとナセントRNA構造間の制御相互作用。Trends Biochem Sci. 2016;41:293-310
  4. Liu X.、Kraus W. L.、Bai X. Ready, pause, go:細胞シグナル伝達経路によるRNAポリメラーゼIIの一時停止と放出の制御。Trends Biochem Sci. 2015;40:516-525
  5. Lemay J. F. and Bachand F. フェイルセーフ転写終結:1つでは十分ではないからです。RNA Biol. 2015;12:927-932
  1. Harlen K. M., Trotta K. L., Smith E. E., Mosaheb M. M., Fuchs S. M. and Churchman L. S. Comprehensive RNA Polymerase II Interactomesは、各リン酸化CTD残留物の異なる役割と異なる役割を明らかにしています。Cell Rep. 2016;15:2147-2158
  2. Mayer A.およびChurchman L. S. 天然伸長転写物シーケンスによるヒト細胞におけるヌクレオチド分解能でのRNAポリメラーゼ転写のゲノムワイドプロファイリング。ナットの試作品 2016;11:813-833
  3. 今水昌美、高橋智、大島哲、他 インビボで一時停止したRNAポリメラーゼにおける転座ダイナミクスと初期転写産物エラーを可視化します。ゲノムバイオル。2015;16:98