nuc-seq/SNES
nuc-seq/SNES
Nuc-seqは、細胞周期のG2–M段階の単一細胞が4つのゲノムコピーを持つという事実を利用した改変MDAプロトコールで、これにより細胞をセルソーターで単離することができ、単一細胞のゲノムカバレッジも大幅に増加します。SNESは一塩基エクソームシーケンスであり、エクソームのターゲット選択とシーケンスを含む追加のバリエーションです。
Div-Seqは、増殖細胞のNuc-seqとEdU媒介性標識を組み合わせたバリエーションです。
長所：
- nuc-seq：シングルセルシーケンスの物理的カバレッジ性能を90%以上向上
- SNES：単一細胞で95.94%のエクソームカバレッジ
- SNES：アイソジェニック集団におけるSNVの検出効率は92.37%
短所：
- nuc-seq：増殖率の低い細胞には適用できません
- SNES：エクソームに限定