PARE-Seq
PARE-Seq
さまざまなRNA分解プロセスにより、特徴的なシーケンスエンドが得られます。切断部位を解析することで、分解過程を推測することができます。PARE-Seqでは、分解されたキャップされていないmRNAは、MmeI制限部位を含む5'アダプターにライゲーションされ、逆転写されます。cDNA断片は、Mmelで消化され、精製され、3'アダプターにライゲーションされ、PCR増幅されます。cDNAのディープシーケンスは、分解されるキャップされていない転写産物に関する情報を提供します。
長所：
- RNAを分解するマップ
- miRNA切断部位が同定されます
- ターゲットRNAシーケンスの事前知識は必要ありません
短所：
- 非線形PCR増幅は、再現性に影響を与えるバイアスにつながる可能性があります
- ポリメラーゼによって引き起こされる増幅エラーは、誤って表され、シーケンスされます