PAT-ChIP
PAT-ChIP
PAT-ChIPはChIP-Seqのバリエーションで、FFPEサンプルから得られるクロマチンの解析に最適化されています。この方法の際立った特徴は、キシレン代替品（Histolemon、Carlo Erba）による脱パラフィン、続いてMNase消化とソニケーションです。FiT-seqはこの手法をさらに改良します。
長所：
- FFPEサンプルに作用
短所：
- 長いプロトコールには4日間かかります
- 低収量
- ソニケーションはシーケンスバイアスを引き起こす可能性があります1
- PAT-ChIP：Fanelli M.、Amatori S.、Barozzi I.、およびMinucci S. Chromatin免疫沈降とパラフィン包埋病理組織からのハイスループットシーケンス。ナットの試作品 2011;6:1905-1919
- FiT-Seq：Cejas P., Li L., O'Neill N. K., et al. 固定された臨床組織からのクロマチン免疫沈降により、腫瘍特異的なエンハンサープロファイルが明らかになります。Nat Med. 2016;22:685-691
- 1. Teytelman L., Ozaydin B., Zill O., et al. ゲノム解析のためのDNA処理に対するクロマチン構造の影響。PLoS One. 2009;4:e6700