scAba-Seq
scAba-Seq
scABA-seqは、5hmCグルコシル化とDNAのグルコシル化依存消化に基づく、シングルセル、ゲノムワイド、鎖特異的な5hmCシーケンステクノロジーです。
個々の細胞のグルコシル化DNAをAbaSIで消化します。消化されたDNAは、細胞固有のバーコード、イルミナ5′アダプター、T7プロモーターを含むアダプターとライゲーションされます。異なる細胞からのライゲーションDNAは、T7ポリメラーゼによって媒介されるin vitro転写（IVT）を使用してプールされ、増幅されます。
長所：
- 個々の細胞における鎖特異的グルコシル化の判定
短所：
- 曖昧さは、Aba-seqアッセイ1の切断分子の13%に存在する可能性があります
- AbaSI活動におけるシーケンスバイアス2
- scAba-Seq：Mooijman D., Dey S. S., Boisset J. C., Crosetto N. and van Oudenaarden A. (2016) Single-cell 5hmCシーケンスは、染色体ワイドな細胞間変動を明らかにし、系統の再構築を可能にします。Nat Biotechnolによるオンライン公開：
- 1. Serandour A. A., Avner S., Mahe E. A., Madigou T., Guibert S., et al. （2016）化学標識とエキソヌクレアーゼ消化による5-ヒドロキシメチルシトシンの単一CpG分解能マッピングにより、進化的に未保存のCpGをTETターゲットとして特定します。Genome Biol 17：56
- 2. Sun Z., Dai N., Borgaro J. G., Quimby A., Sun D., et al. （2015）ゲノムワイドな5-ヒドロキシメチルシトシンと5-ホルミルシトシンを単一塩基分解能でマッピングする高感度アプローチ。Mol Cell 57：750-761