ウシLDジェノタイピングBeadChip

専門家が設計したこのジェノタイピングアレイは、スケーラブルなコンテンツを経済的な価格で提供し、群れ全体にゲノム選択を拡張します。 続きを読む...
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BovineLD v2.0 BeadChip(48サンプル)

WG-451-2001

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BovineLD v2.0 BeadChip+(48サンプル)

WG-451-2011

BovineLD v2.0 BeadChip(288サンプル)

WG-451-2002

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BovineLD v2.0 BeadChip+(288サンプル)

WG-451-2012

BovineLD v2.0 BeadChip(1152サンプル)

WG-451-2003

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BovineLD v2.0 BeadChip+(1152サンプル)

WG-451-2013

製品のハイライト

BovineLD BeadChipマイクロアレイキットは、正確なジェノタイピングを可能にし、牛乳の生産、生殖、健康などに対する遺伝学の影響を理解します。スケーラブルで専門家が選定したコンテンツを経済的な価格で提供することで、ゲノム選択を群れ全体に拡大することができます。このアレイは以下を提供します。

  • ゲノム育種値を正確に推定する堅牢なインピュテーションツール
  • 高いコール率、>98%のインピュテーション効率
  • 最大80,000のカスタムマーカーで拡張できる、厳選されたコンテンツ
  • ウシ親子用のISAGパネルに200個のSNPすべてが含まれます(100個のコアSNPと100個の追加SNP)
  • 最大24のサンプルを同時に調査できる機能
家畜の費用対効果の高いジェノタイピング

BovineLD v2.0 BeadChipは、Infinium BovineSNP50Infinium BovineHD、およびiSelect Custom BeadChipsとともに、ブリーダーが遺伝的変異を特徴付け、ゲノム育種価値を正確に推定するために信頼できる幅広いジェノタイピングポートフォリオを作成します。

BovineHDおよびBovineSNP50 BeadChipは、価値の高い動物の遺伝的変異を調べ、ゲノムワイドな研究をサポートするパワーを提供しますが、BovineLD v2.0 BeadChipは価値の低い動物の費用対効果の高いジェノタイピングを可能にします。

高いインピュテーション精度

戦略的に選択されたSNPは、信頼性、高い平均マイナーアリル頻度(MAF)、ウシゲノム全体での均一な分布、および幅広い世界的な乳製品品種の優れたインピュテーション性能を備えています。BovineLD v2.0 BeadChip上の7,931のSNPは、強力な性能を保証するために複数の品種で厳格な機能テストを受けました。イルミナは、すべてのBovineLD BeadChipが、一般的な乳製品と牛の品種全体で平均99%>のコール率を提供するよう保証しています。

優れたスケーラブルなコンテンツ

イルミナは、グローバルなウシ農業の思想的リーダーと共同で、ウシLDコンソーシアムの一部としてBovineLD v2.0 BeadChipを開発しました。イルミナのサイエンティストと共同研究者は、BovineSNP50 BeadChipで生成された履歴データを参照し、世界中の乳製品種のインピュテーション効率のために最適なSNPコンテンツを特定しました。1

In silico試験では、ターゲットとする品種間でMAFを最適化し、ウシゲノム全体により高いマーカー密度のSNPを染色体末端で均等に間隔をあけることで、最高のインピュテーション効率を達成できることが判明しました。コンテンツには、X、既知のYハプロタイプ、ミトコンドリアDNAを含むすべての染色体のカバレッジが含まれます。

ハイスループットフォーマット

Infinium Assayは、このマルチサンプルジェノタイピングパネルを強化し、高いコール率と優れた再現性を実現します。このアッセイのPCRフリーのシングルチューブサンプル調製は、労力やサンプル処理エラーの可能性を大幅に削減します。2,3マルチサンプルフォーマットは、飼育者が最大24のサンプルを同時に調査できるようにすることで、実験のばらつきとプロジェクト全体のコストをさらに削減します。

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仕様

メソッドごとのワークフロー例

 

Customer Stories

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参考文献
  1. Boichard D, Chung H, Dassonneville R, et al. インピュテーション用に最適化されたウシの低密度SNPアレイの設計。PLoS One . 2012;7:e34130。
  2. Gunderson KL, Steemers FJ, Lee G, Mendoza LG, Chee MS(2005年)マイクロアレイテクノロジーを使用したゲノムワイドでスケーラブルなSNPジェノタイピングアッセイ。遺伝子37:549~554。
  3. Steemers FJ, Chang W, Lee G, Barker DL,Shen R, et al. (2006)単一塩基伸長アッセイによる全ゲノムジェノタイピング。母体法3:31~33歳。