BovineLD Genotyping BeadChip

経済的な価格で拡張性のあるコンテンツを使って、群れ全体のゲノミックセレクションを拡大。Read More...
製品の選択

BovineLD v2.0 BeadChip (48サンプル)

WG-451-2001

価格
 
 

BovineLD v2.0 BeadChip+ (48サンプル)

WG-451-2011

BovineLD v2.0 BeadChip (288サンプル)

WG-451-2002

価格
 
 

BovineLD v2.0 BeadChip+ (288サンプル)

WG-451-2012

BovineLD v2.0 BeadChip (1,152サンプル)

WG-451-2003

価格
 
 

BovineLD v2.0 BeadChip+ (1,152サンプル)

WG-451-2013

Product Highlights

BovineLD BeadChipマイクロアレイキットは精確なジェノタイピングにより、遺伝的特徴が乳量、繁殖力、健康などに及ぼす影響について理解できるようになります。優れた拡張性のあるコンテンツを経済的な価格で提供することで、牛群全体のゲノミックセレクションを拡大できます。このアレイには次のような特長があります。

  • ゲノム育種価を正確に推定するための頑健なインピュテーションツール
  • 98%以上のインピュテーション効率で実証された高いコールレート
  • 専門家が選んだコンテンツは最大8万のカスタムマーカーで強化が可能
  • ウシ親子判定に対応したISAGパネル上の200のSNPをすべて搭載(100のコアSNP、100の追加SNP)
  • 最大24サンプルを並行して処理することが可能
コスト効率の高い家畜動物ジェノタイピング

BovineLD v2.0 BeadChipをInfinium BovineSNP50Infinium BovineHDおよびiSelect Custom BeadChipsと共に使用することで、幅広いジェノタイピングのポートフォリオが生み出され、育種家は安心して遺伝的バリエーションの特性解析やゲノム育種価の正確な推定を行うことが可能になります。

BovineHDおよびBovineSNP50 BeadChipは優れた検出力で価値の高い動物の遺伝的バリエーションの全ゲノム解析をサポートし、BovineLD v2.0 BeadChipは価値の低い動物のコスト効率の高いジェノタイピングを可能にします。

高いインピュテーション精度

BeadChipの戦略的に選択されたSNPには、実証された信頼性、高い平均マイナーアリル頻度(MAF)、ウシゲノム全体での均一な分布に加え、世界の幅広い乳牛品種に関する優れたインピュテーション性能が備わっています。BovineLD v2.0 BeadChip上の7,931のSNPは、複数品種に対する厳格な機能テストを受けており、高いパフォーマンスが保証されます。イルミナは、すべてのBovineLD BeadChipが一般的な肉牛および乳牛の品種において99%以上の平均コールレートを達成することを保証します。

優れた拡張性の高いコンテンツ

イルミナは、アグリバイオ分野の専門家との共同研究を行うBovineLDコンソーシアムの成果の一部としてBovineLD v2.0 BeadChipを開発しました。イルミナの研究者と共同研究者は、BovineSNP50 BeadChipから生成した過去のデータを参照し、世界の乳牛品種においてインピュテーション効率を最大に高めるSNPコンテンツを特定しました。1

In silico試験によって、最大のインピュテーション効率は対象品種間のMAFを最適化し、全ウシゲノムにわたってSNPを均一な間隔に配置し、さらに染色体末端のマーカー密度を高めることで達成できることが明確になりました。コンテンツは、X、既知のYハプロタイプ、およびミトコンドリアDNAなどのすべての染色体をカバーします。

高スループットフォーマット

Infiniumアッセイはこのような複数サンプルによるジェノタイピングパネルを提供し、業界最高のコールレートおよび再現性を実現します。本アッセイのPCRフリーのシングルチューブのサンプル調製により、マニュアル作業とハンドリングエラーが最小限に抑えられます。2,3 マルチサンプルフォーマットにより、最大24サンプルを並行して処理することができるため、実験におけるばらつきやプロジェクト全体のコストが抑制されます。

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仕様

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参考文献
  1. Boichard D, Chung H, Dassonneville R, et al.Design of a bovine low-density SNP array optimized for imputation.PLoS One.2012;7:e34130.
  2. Gunderson KL, Steemers FJ, Lee G, Mendoza LG, Chee MS (2005) A genome-wide scalable SNP genotyping assay using microarray technology. Genet 37: 549–554.
  3. Steemers FJ, Chang W, Lee G, Barker DL,Shen R, et al.(2006) Whole-genome genotyping with the single-base extension assay. Nat Methods 3: 31–33.