AGO-CLIP
AGO-CLIP
Argonaute-crosslinking and immunoprecipitation（AGO-CLIP）は、C. elegansのAGO部位へのmiRNA結合をマッピングするプロトコールです。この方法では、光反応性ヌクレオシド4-SUが最初にインビボでC. elegans RNAに組み込まれます。4-SU標識RNAは結合タンパク質に架橋され、抽出されたライセートはRNase T1で処理され、一部のmiRNAが短縮されます。免疫沈降と洗浄の後、架橋RNAはPNK、T4 RNAリガーゼ、そして最後にプロテイナーゼKで処理されます。RNAは抽出され、cDNAに逆転写され、シーケンスされます。ディープシーケンスでは、miRNAとAGOの結合部位の単一塩基対の分解能が得られます。
長所：
- CLIPを使用してAGOサイトへのmiRNA結合をマッピング
- 結合部位の単一塩基対分解能を提供
短所：
- ハイブリッドキャプチャーにおける低効率
- miRNAとターゲットの相互作用の強度を定量的に解析できない1
- AGO-CLIP：Grosswendt S., Filipchyk A., Manzano M., Klironomos F., Schilling M., et al. （2014年）miRNAとターゲット部位の相互作用を異なる種類のライゲーション反応によって明確に同定。モルセル54：1042-1054
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