CLASH-Seq
CLASH-Seq
CLASHはRNA-RNA相互作用をマッピングします。この方法では、RNA-タンパク質複合体はUV架橋され、アフィニティー精製されます。RNA-RNAハイブリッドは、ライゲーションされ、単離され、cDNAに逆転写されます。cDNAのディープシーケンスは、RNA-RNA相互作用の高解像度キメラリードを提供します。
同様の手法：miTRAP、SPLASH、hiCLIP、RAP、RPL
長所：
- in vivoでRNA-RNA相互作用をマッピング
- 結合部位レベルの解像度1を提供
短所：
- 短いRNA断片間のハイブリッドライゲーションは難しい場合があります
- 比較的低い効率 2
- 既知のベイトタンパク質3が必要
- CLASH-Seq：Kudla G., Granneman S., Hahn D., Beggs J. D. and Tollervey D. (2011) Cross-linking, ligation, and sequencing of hybridsは、酵母におけるRNA-RNA相互作用を明らかにします。Proc Natl Acad Sci U S A 108：10010-10015
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