hiCLIP
hiCLIP
hiCLIPは、in vivoでRBPに結合したRNA二本鎖をシーケンスします。hiCLIPのユニークなクローニングおよびリンカーアダプターシステムは、RBP結合デュプレックスが同一のRNAに由来するのか、異なるRNAに由来するのかを識別します。
CLIPライブラリー調製技術と同様に、RNAとRBPはUV架橋され、部分的に消化され、免疫沈降されます。シグネチャーhiCLIPクローニングとリンカーアダプターは、二本鎖の両方の鎖にライゲーションされます。リンカー-アダプターの3'末端は脱リン酸化され、他方の鎖の5'末端にライゲーションされます。結合したタンパク質は、プロテイナーゼKで除去されます。cDNAライブラリーはハイスループットシーケンスのためにiCLIPと同様の破線で調製されます。クローニングとリンカー-アダプターにより、ハイブリッドリードのトランスクリプトームへのマッピングが可能になり、二本鎖が同一のRNAによって形成されるか、異なるRNAによって形成されるかが区別されます。
長所：
- in vivoでRBP結合RNA二本鎖をマッピング
- Linker-adapterは、ハイブリッドの架橋、ライゲーション、シーケンス（CLASH）で見られる物理的および計算上の課題を修復します
- 長距離RNA二本鎖相互作用を検出1
短所：
- 非RBP結合RNA二本鎖を同定しない
- 技術的に複雑な手順
- 放射性標識を使用
- サーキュライゼーションステップではアーチファクトが混入する場合があります
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