PARS/dsRNA-Seq

PARS/dsRNA-Seq

PARS-Seqマッピングは、RNAの二次構造と三次構造に関する情報を提供します。この方法では、RNAは二本鎖RNAと一本鎖RNAにそれぞれ特異的なRNaseで消化されます。得られた断片はcDNAに逆転写されます。cDNAのディープシーケンスは、RNAの高解像度シーケンスを提供します。RNA構造は、さまざまなRNaseの消化パターンを比較することで推定できます。

長所:
  • RNA構造情報を提供
  • ペアベースとペアでないベースを区別
  • 質量分析、NMR、および結晶学の代替
短所:
  • 酵素消化は非特異的である可能性があります
  • 消化条件は慎重に管理する必要があります
  • RNAが過剰消化される可能性がある
  • in vitroアプリケーションに限定