RIP-Seq
RIP-Seq
RIP-Seqは、RNA-タンパク質複合体内でタンパク質がRNAに結合している部位をマッピングします。この方法では、RNA-タンパク質複合体は目的のタンパク質をターゲットとする抗体で免疫沈降されます。RNase消化後、タンパク質結合によって保護されたRNAが抽出され、cDNAに逆転写されます。その後、その場所をゲノムにマッピングすることができます。cDNAのディープシーケンスにより、タンパク質結合RNAの単一塩基分解能が得られます。
長所：
- ポリコーム関連RNAなどの特定のタンパク質-RNA複合体をマッピング
- RNase消化による低バックグラウンドと高分解能の結合部位
- RNAの事前知識は必要ありません
- ゲノムワイドRNAスクリーニング
短所：
- 標的タンパク質に対する抗体が必要
- 非特異的抗体は非特異的複合体を沈殿させます
- 複合体の架橋または安定化の欠如は偽陰性につながる可能性があります
- RNase消化は慎重に制御する必要があります
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