NET-Seq
セレックス
1990年に最初のSELEX実験が3つの独立したグループによって記述された時点から、この方法は幅広い技術1～5に適合してきました。NGS用に高度にマルチプレックスされたパラレルHT-SELEX法が開発されました。6 SELEX-seq 7のバリエーションでは、効率的なライブラリー調製のためにNexteraアダプターシーケンスを使用します。8
この方法では、タンパク質は、pD40htSELEX発現ベクターにおいて、ガウシアルシフェラーゼに結合したストレプトアビジン結合ペプチド（SBP）との融合として発現されます。各DNAリガンドには、14 bpのランダム化領域（14N）と、個々のSELEXサンプルを一意に識別する5 bpのバーコードが含まれます。部分的に入れ子になったプライマーは、連続するSELEXラウンドで使用されます。可能なすべての14 bpシーケンスを含む二本鎖DNA混合物は、96ウェルプレートのウェルに固定されたDNA結合タンパク質と共にインキュベートされ、DNAがタンパク質に結合します。洗浄および溶出後、得られるより特異的なシーケンスの集団がPCRによって増幅され、シーケンスされます。
長所：
- ハイスループットで効率的
- ソフトウェアパイプラインは利用可能 9,10
短所：
- シーケンスバイアスを含む可能性がある 11
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