X-ChIP
X-ChIP
X-ChIPは、クロスリンククロマチンに続いて免疫沈降を行う、クロマチン研究の基礎となる手法です。NGSの出現により、現在はX-ChIP-seqと呼ばれているこのシンプルな手法は、高解像度の結果を生み出すことができます。この方法では、室温で10分間、1%ホルムアルデヒドと架橋します。細胞を洗浄し、溶解バッファーに再懸濁します。MNase消化後、クロマチンは短時間のソニケーションで可溶化され、クロマチン免疫沈降が行われます。
長所：
- シングルベース解像度
短所：
- ソニケーションはシーケンスバイアスを引き起こす可能性があります1
- 期間に関係なくタンパク質とDNAの相互作用をキャプチャー2
- X-ChIP：Breiling A., Turner B. M., Bianchi M. E. and Orlando V. (2001) General transcription factorは、ポリコーム群タンパク質によって抑制されたプロモーターに結合します。Nature 412：651-655
- X-ChIP：Negre N. and Cavalli G. (2001) DrosophilaにおけるX-CHIPによるクロマチンタンパク質の下流ターゲットDNAの発見。クロスリンクによるタンパク質/DNA相互作用のマッピング
- X-ChIP-Seq：Skene P. J. and Henikoff S. (2015) ゲノムワイドなタンパク質結合の高解像度マップを生成するためのシンプルな方法。Elife 4：e09225
- 1. Teytelman L., Ozaydin B., Zill O., Lefrancois P., Snyder M., et al. （2009）ゲノム解析のためのDNA処理に対するクロマチン構造の影響。PLoS One 4：e6700
- 2. Zentner G. E., Kasinathan S., Xin B., Rohs R. and Henikoff S. (2015) ChEC-seq kineticsは、in vivoでDNA配列と形状によって転写因子結合部位を区別します。Nat Commun 6：8733