リボソームプロファイリング
リボソームプロファイリングとは？
リボソームプロファイリングは、リボソームで保護されたmRNA断片のディープシーケンスに基づく方法です。Ribo-Seq（リボソームシーケンス）またはART-Seq（能動的mRNA翻訳シーケンス）としても知られるリボソームプロファイリングは、特定の時点で細胞に活性のあるすべてのリボソームのスナップショットを提供します。この情報は、研究者がどのタンパク質が細胞内で積極的に翻訳されているかを判断するのに役立ちます。
リボソームプロファイリング解析は、細胞翻訳プロセスの系統的なモニタリングとタンパク質存在量の予測を可能にします。メッセージのどの領域が翻訳されているかを判断することは、複雑な生物のプロテオームを定義するのに役立ちます。超並列ハイスループット次世代シーケンサー（NGS）との組み合わせにより、Ribo-Seqによるリボソームプロファイリングにより、タンパク質産生のインビボ解析を詳細かつ正確に行うことができます。
リボソームプロファイリングの利点
Ribo-Seqは、能動的翻訳を受けている転写産物を同定することで、遺伝子制御の重要な側面を可視化することができます。
- トランスレーショナルコントロールを調査し、遺伝子発現を測定する
- 翻訳開始サイトの特定
- タンパク質合成速度を決定する
- タンパク質量を予測する
リボソームプロファイリングのためのシーケンスライブラリーの生成
Ribo-Seqによるリボソームプロファイリングでは、サイズ排除クロマトグラフィーを使用します。この方法では、リボソームで保護されたRNA断片をイルミナの装置でシーケンスと互換性のあるライブラリーに変換するステップが合理化されます。特殊な装置を必要としない、シンプルで迅速、かつスケーラブルな方法です。一方、ポリソームとモノソームを分離する他の方法は、スクロースグラジエントまたはクッションのいずれかを使用した数時間の超遠心に依存しています。
リボソームプロファイリングプロトコール
製造中止となったTruSeq Ribo Profile（旧称ART-Seq）キットは、以下のリボソームプロファイリングの公開プロトコールに基づいています。 本書では、TruSeq Ribo Profileの代替として、アッセイに必要な試薬と購入可能な場所に関する詳細情報を提供します。
Ingolia NT、Brar GA、Rouskin S、McGeachy AM、Weissman JS。リボソームで保護されたmRNA断片のディープシーケンスによりin vivoで翻訳をモニタリングするためのリボソームプロファイリング戦略。天然の試作品 2012;7(8);1534-1550。
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TruSeq Ribo Profileキットは製造中止となりました
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RNA-Seq データ解析
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リボソームプロファイリングですべての翻訳解析を可能に
タンパク質合成レベルで遺伝子発現を解析する直接的な手法です。
*データ計算はファイルに保存しています。Illumina, Inc., 2015