Illumina Complete Long Read Prep, Human

NovaSeqプラットフォームからのロングリードデータを使った、包括的なヒトWGSのための高精度、高性能なフルワークフローソリューション。

約7.5~8.5時間

アッセイ時間

5~6時間(PCRおよびQCを含む)

ハンズオンタイム

DNA 50 ng推奨

インプット量

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概要

 Illumina Complete Long Readテクノロジーにより、ゲノムラボでロングリードシーケンスが利用しやすくなり、合理化されました。Illumina Complete Long Read Prep, Humanは、この技術を利用した最初の製品であり、ゲノムの最も包括的なビューを提供します。高性能全ゲノムシーケンスアッセイでは、標準的なNGSワークフローを用いて、NovaSeq 6000システムあるいはNovaSeq Xシリーズ上で連続的なロングリードシーケンスを生成できます。

  • 1つのプラットフォームでのロングリードおよびショートリードを用いた、利用しやすい効率的アッセイ(NovaSeq XシリーズおよびNovaSeq 6000システムに対応)

  • 最適化された標準的NGSライブラリー調製と、DRAGENでの二次解析による高い精度と信頼性の結果

  • インプット量が少なくて済み、特別な抽出、断片化、サイズ選択不要の堅牢で柔軟性のあるパフォーマンス

  • 効率的な1日で完了するオートメーションフレンドリーなワークフロー、市販のロングリードソリューションと比較して優れたスケーラビリティ

  • 備考:解析には、同じサンプルからの30倍以上の標準的なショートリードWGSデータが必要です。

高精度のスケーラブルなアッセイ

Illumina Complete Long Readデータは、標準的なショートリードWGSデータを補完し、包括的な全ゲノムを提供します。

  • 相同性または反復性が高い領域における、マッピングが困難な領域でのバリアントコーリング
  • 複雑な構造多型、偽遺伝子、および大きなIndelの解明
  • バリアントのフェージングとハプロタイプコール

 Illumina Complete Long Readテクノロジーの詳細はこちら


仕様


必要な製品

Illumina Complete Long Read Prep, Humanには必要な解析パッケージが付属しています。
装置に適したシーケンス試薬を選択します。 
インデックスアダプターはオプションで、別売りです。
Illumina Complete Long Read DRAGEN Cloud Analysis
BaseSpace Sequence Hub ProfessionalまたはEnterpriseサブスクリプション必須。
iCredits for Storage(オプション)。

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アプリケーション

ワークフローの例

* NovaSeqプラットフォーム上でIllumina Complete Long Readライブラリーをシーケンスすると、報告されたランのQ30スコアがNovaSeq仕様を下回る可能性があります。これは、シーケンスランまたはライブラリーの性能の問題を示すものではありません。


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

4 samples (1 sample per lane of an S4 flow cell).
8 samples (1 sample per lane of an S4 flow cell, dual flow cell run optional).
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended).
NovaSeq 6000 Xp Workflow kit.

2 × 150 bp

NovaSeq X System

4 samples (1 sample per 2 lanes of a 10B flow cell).
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended).
11 samples (25B flow cell).

2 × 150 bp

NovaSeq X Plus System

8 samples (1 sample per 2 lanes of a 10B flow cell, dual flow cell run).
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended).
22 samples (25B flow cell, dual flow cell run).

2 × 150 bp

NovaSeq 6000Dx in Research Mode

4 samples (1 sample per lane of an S4 flow cell).
8 samples (1 sample per lane of an S4 flow cell, dual flow cell run optional).
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended).
NovaSeq 6000 Xp Workflow kit.

2 × 150 bp


関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

Illumina Complete Long Read技術の仕組み

タグメンテーションの手法を用いて長い断片サイズをノーマライズします。長い断片を「ランドマーク」とすることで、増幅した単一分子、ロングリード情報をキャプチャーします。マーク付けされた断片は、シーケンス用の標準ライブラリーにタグメンテーションされます。マークありとなしのデータを組み合わせることで、高精度で完全なロングリードが生成されます。 Illumina Complete Long Readテクノロジーの詳細はこちら

ロングリードのフェージングシーケンスでハプロタイプの明確な割り当てが可能

イルミナの完全ロングリードは、 HLA-A 遺伝子のような多型性の高い領域を解決することができます。 HLA 領域の均一なカバレッジにより、 HLA アリルの正確なフェージングが可能になります。

ロングリードシーケンスで大規模な欠失を検出可能

 SEMG1 遺伝子のヘテロ接合性180 bp欠失は、イルミナの完全ロングリードと市販のロングリードの両方によって明確に検出されます。

ロングリードシーケンスで偽遺伝子を分離可能

イルミナの完全ロングリードと市販のロングリードの両方が、23 kbの STRC 遺伝子を疑似遺伝子 pSTRCから明確に解決します。

ロングリードシーケンスでSTR挿入を同定可能

ショートタンデムリピート(STR)領域の挿入は、Illumina Complete Long Readと市販のロングリードのいずれでも明確に検出されます。

ロングリードシーケンスで偽遺伝子を分離可能

イルミナの完全ロングリードと市販のロングリードの両方が、その偽遺伝子である SULT1A1  SULT1A2遺伝子(ファーマコゲノミクスマーカー)を明確に解決します。

幅広いDNAインプットで高品質のパフォーマンスを実現

Illumina Complete Long Read Prep, Humanでは、DNAインプット量5 ng~1200 ng(トリプリケート)で、N50およびフェーズブロックN50と同等水準の品質のデータが生成されます。N50は、アセンブル全長の50%で最短コンティグ (またはフェーズブロック) のシーケンス長と定義されます。

リソース

サムネール

Illumina Complete Long Readシーケンス技術のご紹介

この新技術は、ゲノムの最も解明の遅れている領域にも光を当てます。Illumina Complete Long Readは、ゲノムの最も困難な領域の解明に役立ちます。1つのプラットフォームからショートリードとロングリードを可能にすることでロングリードシーケンスへのアクセスを容易にして効率化できます。

このプレゼンテーションでは、Complete Long Readのユースケースを共有し、世界中のコラボレーターが行っている研究に焦点を当てます。

Illumina Complete Long Read技術は、残りの約5%の遺伝子領域へのアクセスを加速します。プロダクトマネージャーのAndrew Shaver氏が、精度、スケーラビリティ、ワークフローの利点など、イルミナの新しいLong Read技術の利点について説明します。Illumina Complete Long Read技術が、イルミナの製品ポートフォリオの技術革新をどのように補完するかをご覧ください。

Illumina Complete Long Read Prep, Human (24 samples)

20089108

24のヒト全ゲノムシーケンス用Illumina Complete Long Readライブラリーを調製するための試薬。

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Illumina Complete Long Read Prep, Human (8 samples)

20086823

8つのヒト全ゲノムシーケンス用Illumina Complete Long Readライブラリーを調製するための試薬。

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Illumina Unique Dual Indexes, LT (48 indexes, 48 samples)

20098166

Illumina Unique Dual Indexes, LT (48 indexes, 48 samples)

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Illumina Complete Long Read Prep, Human - 24, S4 starter pack

20099754

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Illumina Complete Long Read Prep, Human - 24, 10B starter pack

20099755

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。

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