原則として、サンガー法と次世代シーケンサー(NGS)技術の背景にある概念は似ています。NGSシーケンスとサンガーシーケンス(ジデオキシまたはキャピラリー電気泳動シーケンスとも呼ばれます)の両方で、DNAポリメラーゼは蛍光ヌクレオチドを1つずつ成長中のDNAテンプレート鎖に付加します。組み込まれた各ヌクレオチドは、その蛍光タグによって識別されます。
サンガーシーケンスとNGSの重要な違いはシーケンス量です。Sanger法では一度に1つのDNA断片のみをシーケンスしますが、NGSは極めて並列で、ランごとに数百万の断片を同時にシーケンスします。このプロセスは、一度に数百から数千の遺伝子のシーケンスに変換されます。また、NGSは、ディープシーケンスで新規または希少なバリアントを検出する検出力も高めます。
NGSの利点:
それぞれの方法の利点と限界を探り、ニーズに最適な方法を見つけてください。
サンガーシーケンスでは、限られたDNAスナップショットが見られました。NGSとその超並列シーケンスにより、サンプルあたり数十から数十万のリードを調べることができます。
サンガー法 | ターゲットNGS | |
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利点 |
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課題 |
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* 発見力は、新規バリアントを同定する能力です。
† 変異分解能は同定された変異のサイズです。NGSは、一塩基バリアントまでの大きな染色体再構成を同定できます。
‡ 10 ng DNAはサンガーシーケンスで約1 kb、ターゲットリシーケンスで約300 kbを生成します(AmpliSeq for Illuminaワークフローでは250 bpアンプリコン長 × 1536アンプリコン)
NGSにより、Franco Taroni, MDは、サンガーシーケンスよりもわずかな時間で、大幅に低コストでバリアントを特定できました。
インタビューを読むViafetはVeriSeq PGSソリューションを使用しており、IVFクリニックが迅速、正確かつ効率的なPGSサービスを提供できるようにします。
インタビューを読むサンガーシーケンスでは、"限られたDNAスナップショットしか得られませんでした。"現在、Michael Bunce博士はNGSを使用して、サンプルあたり数十万のリードを調べています。
インタビューを読むサンガーシーケンスは、限られたサンプル数またはゲノムターゲット(約20以下)でDNAの小さな領域を調べる場合に適しています。そうでなければ、ターゲットNGSはニーズに合っている可能性が高くなります。NGSにより、より多くのサンプルを費用対効果の高い方法でスクリーニングし、ゲノムのターゲット領域全体で複数のバリアントを検出できます。これは、サンガーシーケンスを使用した場合、コストと時間がかかるアプローチです。
このアニメーションでは、簡単でアクセスしやすいイルミナのNGSテクノロジーがサンガーシーケンス作業をどのように補完できるかをご覧いただけます。
この方法には、遺伝子のサブセットまたは関心のあるゲノム領域の分離とシーケンスが含まれ、ラボのリソースを節約できます。
この方法は、遺伝子バリエーションの包括的なビューを提供し、発見アプリケーションに最適です。
NGSベースのターゲットリシーケンスが、サンガーシーケンスよりも短時間で低コストでバリアントの同定にどのように役立つか、詳細をご覧ください。