NGSとサンガーシーケンスとの違い
基本的に、サンガーシーケンスと次世代シーケンス（NGS）テクノロジーの背景にある概念はほぼ同じです。NGSでもサンガーシーケンス（ジデオキシ法やキャピラリー電気泳動シーケンスとも呼ばれます）でも、伸長しているDNA鋳型鎖にDNAポリメラーゼにより1つずつ蛍光ヌクレオチドが付加されます。取り込まれたそれぞれのヌクレオチドはその蛍光タグで認識されます。
サンガーシーケンスとNGSとの決定的な違いは、シーケンス量にあります。サンガー法では一度に1つのDNAフラグメントをシーケンスすることしかできませんが、NGSはラン当たり何百万ものフラグメントを同時に大量並列シーケンスできます。このハイスループットのプロセスにより、数百から数千もの遺伝子を一度にシーケンスできるのです。また、NGSはディープシーケンスで新規バリアントやレアバリアントを検出する高い発見力も備えています。
NGSとサンガーシーケンスの利点の比較
NGSの利点：
- 低頻度バリアントを検出できるより高い感度1,2
- 大量のサンプルに対応できる速いターンアラウンドタイム3
- 包括的なゲノムカバレッジ
- より低い検出限界4,5
- サンプルのマルチプレックスによるスループットの向上
- 同時に数百から数千の遺伝子や遺伝子領域をシーケンス可能
NGSとサンガーシーケンス、どちらを選ぶべきか
それぞれの方法の利点と制約を調べ、ご自分のニーズに合う方法を見つけてください。
サンガーシーケンスとNGSとの比較
| サンガーシーケンス | ターゲットNGS | |
|---|---|---|
| 利点 |
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|
| 課題 |
|
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* 発見力とは新規バリアントを特定する能力のことです。
† 変異解像度は同定された変異のサイズです。NGSでは大規模な染色体再編成から単一ヌクレオチドバリアントレベルまで特定できます。
‡ 10 ngのDNAからは、サンガーシーケンスでは約1 kb、ターゲットリシーケンスでは約300 kb（TruSeq Custom Ampliconワークフローでアンプリコン長250 bp × 1536アンプリコン）が得られます。
NGSとサンガーシーケンス、どちらを使う？
サンガーシーケンスは、限られた数のサンプルやゲノムターゲット（20以下）においてDNAの小さな領域を調べる場合に適した方法です。それ以外の場合は、ターゲットNGSの方がニーズに適している可能性が高いでしょう。NGSでは、高いコスト効率でより多くのサンプルをスクリーニングし、ゲノムのターゲット領域にわたり複数のバリアントを検出することができます。これはサンガーシーケンスを用いた場合にはコストと時間がかかるアプローチとなるでしょう。
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