イルミナ初のメチル化BeadChipの発売以来、このユーザーコミュニティは、高度なメチル化データ解析用のソフトウェアパッケージを開発することで、その普及に貢献してきました。GenomeStudioは、基本的な品質管理のためにコアラボで引き続き使用されていますが、サードパーティのバイオコンダクタパッケージは、ダウンストリーム解析に最も多くの機能を提供します。最も人気のある2つのパッケージはSeSAMeとminfiで、どちらも高度なQC、最新のノーマライゼーション技術、差次的メチル化解析、可視化機能を含むInfinium Methylation BeadChipのエンドツーエンドのデータ解析を提供します。
BeadChip処理ラボ用
GenomeStudio 2011.1 Methylation Moduleは、メチル化ビーズチップの基本的なQCに使用できます。GenomeStudioのControls Dashboardは、サンプルに依存しないコントロールとサンプルに依存しないコントロールを視覚化するために使用されます。一方、BeadArray Controls Reporter（BACR）は、迅速な結果を得るためのコントロールのフォーミュラベースの解析を提供します。GenomeStudio 2011.1およびBACRはこちらからダウンロードできます。
上級ユーザー向け
SeSAMe開発者のWanding Zhouが率いる以下のビデオチュートリアルシリーズでは、新規ユーザーがSeSAMeのデータ解析に慣れるためのステップバイステップのチュートリアルを提供します。
このビデオでは、Infinium DNAメチル化ビーズチップのデータ解析を実行するためのSeSAMeのインストール方法を学びます。すべてのスクリプトとリンクは、このSeSAMeインストールGithubページに記載されています。コンピューターにRをまだインストールしていない場合は、このビデオを見る前にインストールしてください。
このビデオチュートリアルでは、IDATをDNAメチル化レベルデータまたはベータ値に処理する方法を説明します。このチュートリアルでは、Gene Expression OmnibusまたはGEOの2つの公開データセットを使用します。シグナル強度データの読み方、品質管理の実施、結果の評価などについて学びます。
このビデオでは、DNAメチル化の差異を分析するための線形モデリングベースのフレームワークをいくつか見ていきます。パッケージとデータのロード方法、モデリングの前に考慮すべきこと、確認すべきこと、線形モデリングの実行、テスト結果後の生物学的質問の調査について学習します。
このビデオチュートリアルでは、SeSAMeソフトウェアを使用してサンプルメタデータを推測する方法を説明します。このメタデータには、性別、年齢、DNAコピー数、細胞分画、その他のメタデータがあります。このチュートリアルでは、プロセスについて幅広い理解を提供するためのさまざまな推論について説明します。
追加情報および全文書は、SeSAMe Bioconductorのページに記載されています。
Minfiは、Kasper Hansenが開発したメチル化データ解析用の包括的なパッケージです。minfiの延長には、RnBeads、ChAMP、およびwateRmelonが含まれます。ユーザーガイドや設置手順などの文書については、minfi Bioconductorのページをご覧ください。minfiに基づくメチル化アレイデータ解析の詳細なハンズオントレーニングについては、Columbia Universityがエピジェネティクスブートキャンプを提供しています。さらに、450Kデータを使用したアーカイブされたチュートリアルビデオは、こちらでご覧いただけます。Kasper Hansenによる紹介ビデオは、こちらでご覧いただけます。