RNA-Seqとマイクロアレイのテクノロジー比較
RNAシーケンスとマイクロアレイの比較
RNA-Seqテクノロジーは、トランスクリプトームの偏りのないビューを生成し、マイクロアレイと比較して多くのメリットを提供します
RNA-Seqテクノロジーの概要
RNAシーケンス（RNA-Seq）テクノロジーは、あらゆる種について、トランスクリプトームの迅速なプロファイリングと深い調査を可能にします。このアプローチは、マイクロアレイ解析と比較して多くのメリットがあり、遺伝子発現研究でしばしば使われる歴史あるテクノロジーです。
マイクロアレイと比較したRNA-Seqの利点
- 新規転写産物の検出が可能：アレイとは異なり、RNA-Seqテクノロジーでは、生物種や転写産物に特異的なプローブを必要としません。新規転写産物、融合遺伝子、1塩基変異（SNV）、Indel（小さな挿入・欠失）、およびアレイでは検出できないその他の未知の変化を検出することができます1,2。
- より幅広いダイナミックレンジ：アレイハイブリダイゼーションテクノロジーでは、遺伝子発現測定は低シグナル領域でのバックグラウンドと高シグナル領域でのシグナル飽和による影響があります。RNA-Seqテクノロジーは、個別のデジタルシーケンスリードカウントを生成し、より広いダイナミックレンジで発現を定量します。（RNA-Seqでは105より少ないのに対し、アレイでは103）1,2,3
- より高い特異性と感度：マイクロアレイと比較して、RNA-Seqテクノロジーは、より高い割合の発現差のある遺伝子、特に低発現の遺伝子を検出することができます。4-6
- 希少で低存在量の転写産物を簡単に検出できます：希少な転写産物、細胞あたりの単一転写産物、あるいは発現量の低い遺伝子を検出するために、シーケンスのカバレッジ深度を容易に上げることができます。
最初のRNA-Seqプロジェクトの開始方法
多くの研究者は、まずサンプルタイプ全体の遺伝子発現レベルに対する洞察が得られるRNAシーケンスでNGSを使い始めます。この動画では、RNAシーケンスワークフローの概要を説明します。
"mRNA-Seqは特異性が向上しているため、転写産物、特にアイソフォームの検出に、マイクロアレイよりも適しています。また、発現差を検出する感度が高く、ダイナミックレンジも拡大されています。"
イルミナのトータルRNA-Seqワークフロー動画
このアニメーション動画では、イルミナのトータルRNAシーケンスワークフローについてご紹介し、qPCRや遺伝子発現アレイなどその他のRNA解析法に勝るRNA-Seqの利点について説明します。RNA-Seqは、これまで検出できなかった遺伝子発現の変化を可視化する強力なシーケンス手法です。その理由をご説明します。
アレイからRNA-Seqに切り替えるべきその他の理由
NGSが適している場合、次にすべきことは、どのアプリケーションと手法を実行したいか検討し、期待される出力とアプリケーションのニーズに合った装置を選択することです。
使いやすいデータ解析ツール
大きな規模と偏りのない発見力を持つNGSは、さまざまな基礎研究やトランスレーショナル研究分野で使用することができます。多様なサンプルタイプを使用してさまざまな生物学的システムへの理解を深めることで、研究の範囲を広げ、どんな大胆な研究アプリケーションに対する答えも見つけることができます。
RNA-Seqの助成金がアレイの助成金を上回る
NIHの助成金において、新しいRNAシーケンスと遺伝子発現マイクロアレイを含む助成金に割り当てられる割合は、ここ数年RNA-Seqテクノロジーに傾く傾向にあります。発表論文の傾向は、RNA-Seqベースの研究の迅速な採用と影響の増大を示しています。
RNAシーケンスウェビナーシリーズ
RNAシーケンス第一部：イルミナRNAライブラリー調製ワークフローのご紹介
この動画では、RNAインプット用の実験計画とサンプル調製キットのオプションに関する重要な考慮事項について説明します。
RNAシーケンス第二部：イルミナRNA調製プロトコールのベストプラクティス
RNA-Seq動画ウェビナーシリーズの第二部では、イルミナRNAキットのベストプラクティスについて掘り下げます。
RNAシーケンス第三部：解析のご紹介
このウェビナーでは、データ管理とデータ解析のハブであるBaseSpaceで利用できる使いやすいRNA-Seq解析オプションについて説明します。
補足資料
新着NGS eBook
NGSとその他の手法の比較の詳細については、NGSの導入eBookをダウンロードしてください。このeBookでは、主な違い、推奨される手法／アプリケーション、サンプルワークフローなどについて概説しています。
遺伝子発現や制御についてのバイオインフォマティクス（eBook）
このeBookでは、現代のトランスクリプトミクスとエピジェネティクス手法による、生物学と疾患の理解に影響を与えている発見に焦点を当てています。
RNA-Seqを始める
ゲノムによって生成されるRNA転写産物の完全セットまたは指定されたサブセットの特性解析であるトランスクリプトミクスは、NGSの使用へのアクセス可能なエントリーポイントです。ユースケースと確立されたワークフローにわたる汎用性があるからです。
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特定の研究に焦点を合わせたNGSについてご質問がございましたら、お気軽にお問い合わせください。当社のスペシャリストがあらゆる質問に答え、各設定に最適なソリューションをご提案します。
参考文献
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- Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.
- Zhao S, Fung-Leung WP, Bittner A, and Ngo K, Liu X. Comparison of RNA-Seq and microarray in transcriptome profiling of activated T cells. PLoS One. 2014;16;9(1):e78644.
- Wang C, Gong B, Bushel PR, et al. The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundance. Nat Biotechnol. 2014;32:926–932.
- Li J, Hou R, Niu X, et al. Comparison of microarray and RNA-Seq analysis of mRNA expression in dermal mesenchymal stem cells. Biotechnol Lett. 2016;38:33–41.
- Liu Y, Morley M, Brandimarto J, et al. RNA-Seq identifies novel myocardial gene expression signatures of heart failure. Genomics. 2015;105:83–89.