RNA-Seqテクノロジーを採用する研究者が増えています
RNAシーケンスを新たに実施する研究の資金獲得状況と遺伝子発現マイクロアレイを用いた研究の資金獲得状況を比較すると、この数年間でRNA-Seqテクノロジーへの研究資金の提供は増加傾向にあり、現在では大半を占めるに至っています。 以下のブログでその証拠をご覧ください。
ブログを読む： トランスクリプトーム解析におけるトレンド無料DL：RNAシーケンスとDNAメチル化シーケンスで分かることを解説
解析手法概要から、がん、疫学・感染症のバイオマーカー探索など、幅広い分野の最新研究事例をまとめた応用ガイドです。
RNA-Seqテクノロジーの概要
RNAシーケンス（RNA-Seq）テクノロジーにより、あらゆる種についてトランスクリプトームの迅速なプロファイリングと詳細な解析が可能になります。 このアプローチでは、遺伝子発現研究で頻繁に使用される従来のテクノロジーであるマイクロアレイ解析と比べて多数の利点が得られます。
RNA-Seqとマイクロアレイテクノロジーの利点の比較
偏りのない新規転写産物の検出： アレイと異なり、RNA-Seqテクノロジーでは種特異的なプローブや転写産物特異的なプローブが必要ありません。 RNA-Seqテクノロジーは、アレイでは検出できない新規転写産物、遺伝子融合、一塩基バリアント、indel（小さな挿入および欠失）、およびその他未知のバリアントを検出することができます。
より広範なダイナミックレンジ： アレイハイブリダイゼーションテクノロジーの遺伝子発現解析では、低発現遺伝子はバックグラウンドノイズの影響を、高発現遺伝子はシグナル飽和ノイズの影響を受けます。 RNA-Seqテクノロジーは、個別のデジタルシーケンスリードカウントを定量し、より幅広いダイナミックレンジを可能にします。
特異性および感度の向上： マイクロアレイに比べて高度な特異性および感度を誇るRNA-Seqテクノロジーは、遺伝子、転写産物、および差次発現の検出に優れています。
希少な転写産物や存在量の少ない転写産物をより簡単に検出： 希少な転写産物、1細胞あたりの単一転写産物、または発現量が少ない遺伝子を検出するためにシーケンスカバレッジ深度を簡単に高めることができます。
シーケンス受託解析会社の観点からマイクロアレイテクノロジーとRNA-Seqテクノロジーとを比較した詳細をご覧ください。
アレイからRNA-Seqへの移行（PDF)を読む »
“mRNA-Seq offers improved specificity, so it’s better at detecting transcripts, and specifically isoforms, than microarrays. It’s also more sensitive in detecting differential expression and offers increased dynamic range.”
Steve McPhail
President and Chief Executive Officer, Expression Analysis
使いやすいデータ解析ツール
これまで、次世代シーケンサー（NGS）データの解析にはバイオインフォマティクスの幅広い専門知識が不可欠であることが、生物学者にとってRNAシーケンステクノロジーを採用する上での大きなハードルとなっていました。 使いやすさを追求したこの最新のツールにより、解析プロセスが大幅に簡素化され、あらゆる研究者に利用しやすいソリューションを提供しています。
ベンチトップRNA-Seqテクノロジー
NextSeq 550 システムは、従来のアレイよりも高い感度と精度を持つ、RNA-Seqへの拡張性のあるアプローチです。
RNA シーケンス検討事項
遺伝子発現プロファイリング、ターゲットRNA発現、small RNA解析、など、それぞれのRNA-Seq実験によって、必要とされるリード長や深度は異なります。このページでは、実験において考慮すべき点をレビューしています。実験計画にご活用ください。
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References
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