NovaSeq Xシリーズの注文
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
Infinium Global Diversity Array (GDA) with Enhanced PGx-8 v1.0 BeadChipは、多様な母集団におけるファーマコゲノミクス（PGx）研究だけでなく、ポリジェニックリスクスコア開発、祖先の判定、遺伝性疾患研究をサポートします。
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx
Infinium Global Diversity Array (GDA) with Enhanced PGxは、ファーマコゲノミクス研究のための市場で最も包括的なジェノタイピングマイクロアレイです。
1週間に約1,728サンプル
サンプルスループット
アレイあたり8サンプル
サンプル数
合計1,933,117マーカー、カスタムアドオン容量175,000
マーカー数
概要
包括的なカバレッジ
GDA with Enhanced PGxは、PharmGKB>1、CPIC2、PharmVar3、およびClinVar4などの公開PGxデータベースから、CYP2D6、CYP2B6、TPMTなどの識別困難な遺伝子を含む、6,000を超えるアノテーション付きバリアントをカバーしています。
母集団全体における優れたエクソン含有量
GDA with Enhanced PGxは、エクソン領域のタグ付けが改善され、疾患または形質との関連性が既に同定されている全ゲノム関連解析（GWAS）からの座位をマッピングするカバレッジが強化されています。
サンプル同定用QCマーカー
BeadChipには、大規模な研究のための品質管理（QC）マーカーが含まれており、サンプルの同定、追跡、祖先の判定、層別化などを可能にします。
仕様
| Assay type | Infinium LCG |
|---|---|
| Automation capability | Liquid handling robots, Automated array loader |
| 説明 | Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGxは、8サンプルのBeadChip上に構築されており、>190万のマーカーを含んでいます。ファーマコゲノミクス（PGx）研究用に市販されている最も包括的なジェノタイピングマイクロアレイであり、疾患や多様性の研究やその他のアプリケーションにも対応しています。 |
| インプット量 | 200 ng DNA |
| システム | iScan |
| 手法 | Genome-wide genotyping array |
| Nucleic acid type | DNA |
| マーカー数 | 合計1,933,117マーカー、カスタムアドオン容量175,000 |
| サンプル数 | アレイあたり8サンプル |
| サンプルスループット | 1週間に約1,728サンプル |
| Specialized sample types | Blood |
| Species category | ヒト |
| テクノロジー | Microarray |
| バリアントクラス | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Chromosomal abnormalities, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) |
必要な製品
選択したキットサイズを一度にランするサンプル数に合わせます。各キットは1つのバッチとして処理され、複数の実験に分けられるように設計されていません。ロースループットバッチを複数処理する場合は、複数の小型キットを注文してください。固定コンテンツキットには、スターアレルコールと代謝能ステータスを含む解釈レポートが含まれます。
カスタムアドオンコンテンツが利用可能です。
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件
アプリケーション
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGxは、ファーマコゲノミクス（PGx）研究、ポリジェニックリスクスコア開発、祖先の判定、遺伝性疾患研究をサポートするように設計されています。
ワークフローの例
コンテンツを選択
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx
アレイの処理とスキャン
追跡、分析、およびレポート
関連するアプリケーションとメソッド
Pharmacogenomics, the study of how variations in the human genome affect our response to medications, may help reduce adverse drug reactions and medical costs.
ポリジェニックリスクスコアは、ある個人が持つ、特定疾患の発症リスクを高めるすべての遺伝子バリアントの数を表しています。
創薬努力に役立つ情報を提供し、ターゲット治療法の開発をサポートするようにデザインされた革新的なゲノム解析ソリューションを調査します。
本製品の用途例
製品比較
| Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx | Infinium Global Diversity Array-8 Kit | Infinium Global Screening Array-24 Kit | |||
|---|---|---|---|---|---|
| Assay type | Infinium LCG | Infinium LCG | Infinium HTS | ||
| Automation capability | Liquid handling robots, Automated array loader | Liquid handling robots, Automated array loader | Liquid handling robots, Automated array loader | ||
| 説明 | Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGxは、8サンプルのBeadChip上に構築されており、>190万のマーカーを含んでいます。ファーマコゲノミクス（PGx）研究用に市販されている最も包括的なジェノタイピングマイクロアレイであり、疾患や多様性の研究やその他のアプリケーションにも対応しています。 | 8サンプルのInfinium Global Diversity Arrayは、ゲノム全体で4,800を超える重要な遺伝子のターゲットカバレッジを提供します。BeadChipには約180万個のマーカーが含まれており、疾患に関連する領域で高いエクソンカバレッジを実現し、高精度のコピー数バリエーションコールと平均分解能1.5 Mbを提供します。 | Infinium Global Screening Array-24 Kitは、最適化された多民族ゲノムワイドコンテンツ、キュレーションされた臨床研究バリアント、およびQCマーカーを組み合わせることで、集団規模の遺伝学、トランスレーショナル研究、バリアントスクリーニング研究、プレシジョンメディシン研究を可能にする経済的な次世代ジェノタイピングアレイです。 | ||
| インプット量 | 200 ng DNA | 200 ng DNA | 200 ng DNA | ||
| システム | iScan | iScan | iScan | ||
| 手法 | Genome-wide genotyping array | Genome-wide genotyping array | High-throughput genotyping array, Genome-wide genotyping array | ||
| Nucleic acid type | DNA | DNA | DNA | ||
| マーカー数 | 合計1,933,117マーカー、カスタムアドオン容量175,000 | 1,825,277の固定マーカー。カスタムマーカーアドオン容量：最大175,000。 | 654,027の固定マーカー。カスタムマーカーアドオン容量： 最大100,000。 | ||
| サンプル数 | アレイあたり8サンプル | アレイあたり8サンプル | アレイあたり24サンプル | ||
| サンプルスループット | 1週間に約1,728サンプル | 1週間に約1,728サンプル | 1週間に約5,760サンプル | ||
| Specialized sample types | Blood | Blood, FFPE tissue, Buccal swabs, Saliva | Blood, FFPE tissue, Buccal swabs, Saliva | ||
| Species category | ヒト | ヒト | ヒト | ||
| テクノロジー | Microarray | Microarray | Microarray | ||
| バリアントクラス | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Chromosomal abnormalities, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Loss of heterozygosity (LOH), Chromosomal abnormalities, Structural variants, Copy number variants (CNVs) | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Structural variants, Copy number variants (CNVs) |
選択ツール：
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
目的の遺伝子（複数可）をターゲットとするシーケンスパネルまたはマイクロアレイを特定します。
図
PGxコンテンツが強化されたInfinium Global Diversity Array
内側のパイは、ゲノムワイドカバレッジ、臨床研究、品質管理（QC）のために選択されたアレイの割合を示しています。外側のリングは、1kGP5に存在するユニークなバリアントに対する重み付けされた参照グローバル対立遺伝子頻度を示しています。カウントは、固有のバリアントを表します。
幅広いファーマコゲノミクスマーカー
CPICガイドラインおよびPharmGKBデータベースに基づく臨床研究コンテンツ1,2。PGx公開データベースバリアント、PharmGKB、PharmVar3、CPIC、ゲノムワイドPGxカバレッジ、拡張ADME遺伝子、ターゲットインピュテーションタグSNPを含むCPICレベルA遺伝子、およびCPICレベルA CNVタグを含みます。
多様な人々を対象とした疾患研究コンテンツ
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGxには、（A）ClinVarカテゴリーおよび（B）NHGRIGWASカテゴリーに基づく多数の表現型および疾患分類の広範なカバレッジが含まれています。
QCマーカー
PGxコンテンツが強化されたInfinium Global Diversity ArrayのQCバリアントは、性別判定、大陸の祖先、ヒトの同定など、サンプル追跡のためのさまざまな機能を可能にします。
データパフォーマンスとスペーシング
信頼性の高いInfiniumケミストリーは、イルミナのジェノタイピングアレイが10年以上にわたって提供してきたものと同じ高品質で再現性の高いデータを提供します。Infiniumアッセイからの個々のジェノタイピングコールの高いSignal to Noise比（SN比）により、ゲノムワイドなコピーCNVコールにアクセスできます。
| データ性能 | 値a | 製品仕様b | |
| コールレート | 99.7% | 平均99.0% 以上 | |
| 再現性 | 99.99% | 99.90%以上 | |
| 語間 | |||
| 間隔（kb） | 平均 | 中央値 | 90%目c |
| 1.53 | 0.61 | 3.91 | |
a. 値はジェノタイピング2228 HapMapリファレンスサンプルから得られます
b. 女性サンプルのy染色体マーカーを除外
c. Gentrainサンプルセットの結果に基づく
リソース
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx-8 v1.0 BeadChipが、ファーマコゲノミクス研究アプリケーションにいかに独自に適しているかをご覧ください。
固定コンテンツ (2)
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx-8 v1.0 Kit (48 Samples)
20044822
48のDNAサンプルの増幅、断片化、ハイブリダイゼーション、ラベリング、検出のための6つの8サンプルBeadChipと試薬が含まれます。インプットには200 ngのDNAが必要です。各キットは1つのバッチとして処理されます。
List Price:
Discounts:
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx-8 v1.0 Kit (384 Samples)
20044823
48の8サンプルBeadChipと、384のDNAサンプルの増幅、断片化、ハイブリダイズ、ラベリング、検出用の試薬が含まれます。インプットには200 ng DNAが必要です。各キットは1つのバッチとして処理されます。
List Price:
Discounts:
追加製品 (2)
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx-8+ v1.0 Kit (48 Samples)
20048347
48のDNAサンプルの増幅、断片化、ハイブリダイズ、ラベリング、検出用の8サンプルBeadChipと試薬が6つ含まれています。DesignStudioを使用して、追加で≤ 175Kマーカーでコンテンツをカスタマイズするか、ブースターとして利用可能なアドオンコンテンツのリストから選択します。インプットには200 ng DNAが必要です。各キットは1つのバッチとして処理されます。
Infinium Global Diversity Array with Enhanced PGx-8+ v1.0 Kit (384 Samples)
20048348
48の8サンプルBeadChipと、384のDNAサンプルの増幅、断片化、ハイブリダイズ、ラベリング、検出のための試薬が含まれます。DesignStudioを使用して、≤ 175Kマーカーを追加でコンテンツをカスタマイズするか、ブースターとして利用可能なアドオンコンテンツのリストから選択します。インプットには200 ngのDNAが必要です。各キットは1つのバッチとして処理されます。
ソフトウェアおよびインフォマティクスオプション (4)
DRAGEN Array Cloud – star allele annotation
20109886
解析費用はサンプルごとに計算されます。
List Price:
Discounts:
DRAGEN Array Local – star allele annotation
20109885
解析費用はサンプルごとに計算されます。
List Price:
Discounts:
ICA Basic Annual Subscription
20044874
Illumina Connected Analytics (ICA) Basic Annual Subscription。本製品には、シーケンス装置との接続、データ管理機能、パッケージ化されたツールへのアクセスなど、TSO500をご使用のお客様を対象としたICAへの一年間のアクセスが含まれています。
Illumina Analytics - 1 iCredit
20042038
iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。
List Price:
Discounts:
サービス (1)
Infinium® Assay: An Introduction – Customer Site
20015273
Infiniumプロトコールの必須ステップをユーザーに理解してもらうための3日間のハンズオンインストラクション。コースでは、サンプルとBeadChip調製、iScanシステムを使用したサンプルスキャン、アレイ解析ソフトウェアを使用した一次データ評価と解析に関するハンズオントレーニングを提供します。
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よくある質問
GDA with Enhanced PGxは、PGx研究、ポリジェニックリスクスコア開発、遺伝性疾患研究、祖先の判定などに関心のある臨床研究者やトランスレーショナル研究者に最適です。PGx研究は、医師が薬剤の代替または用量増量により治療をカスタマイズし、潜在的なリスクを低減し、その結果、医療費の削減、入院期間の短縮、および薬剤の安全性と有効性の向上を実現できるようにすることを目的としています。
GDA with Enhanced PGxは、 GDAのゲノムワイドADMEマーカー約31,000と比較して、CYP2D6などの重要なPGx遺伝子を含む44,000を超えるADMEマーカーをゲノムワイドにカバーしています。また、CYP2D6、CYP2B6、TPMTなどの重要な遺伝子の正確なジェノタイピングのためのターゲット遺伝子増幅ステップも含まれています。PharmGKB、CPIC、ClinVar、PharmVarなどの世界的に認知されたPGxデータベースからの6,000を超えるバリアントも含まれています。
GDA with Enhanced PGxワークフローには、偽遺伝子の曖昧さをなくすためのターゲット遺伝子増幅（TGA）のステップが追加されています。プロトコールでは、1日目にサーマルサイクラーが必要です。2日目には、TGA反応産物が全ゲノム増幅（WGA）反応産物に加えられ、残りのワークフローステップは、断片化から始まるスタンダードなGDAと同様に進められます。全体的なワークフロー時間は、両方のアッセイで類似しています。
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件
MiSeq Reagent Kit v3
以前のバージョンと比較して、クラスター密度とリード長が増加し、シーケンスのクオリティスコアが改善、最適化された試薬キット。
TruSight Oncology 500
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
Illumina DNA Prep
幅広いシーケンス アプリケーションに対応するライブラリを準備するための、高速で統合されたワークフロー。
Infinium Global Diversity Array-8 Kit
臨床研究用バリアントの卓越したカバレッジと、遺伝型スクリーニング用に最適化された多民族ゲノムワイドなコンテンツを組み合わせたBeadChip。
Infinium Global Screening Array-24 Kit
集団遺伝学、ファーマコゲノミクス研究、プレシジョンメディシン研究のためのスケーラブルで費用対効果の高いソリューションを提供するジェノタイピングアレイ。
Infinium FFPE QCおよびDNA Restoration Kits
Infiniumアレイベースのアッセイで使用するためのサンプル品質の評価と分解FFPE DNAサンプルの修復。
参考文献
1. PharmGKB、ファーマコゲノミクス知識ベース。 pharmgkb.org. アクセス日：2020年1月23日
2. Clinical Pharmacogenetics Implementation Consortium (CPIC). cpicpgx.org. アクセス日：2020年1月23日
3. PharmVar, Pharmacogene Variation Consortium. pharmvar.org. アクセス日：2020年1月23日
4. ClinVarデータベース。 ncbi.nlm.nih.gov/clinvar. アクセス日：2020年1月23日
5. 欧州バイオインフォマティクス研究所、1000 genomes.org. アクセス日：2021年1月23日
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