トータルRNAシーケンス
トータルRNAシーケンスのご紹介
トータルRNAシーケンス（RNA-Seq）による全トランスクリプトーム解析では、コーディングRNAに加えて、複数種のノンコーディングRNAを検出します。トータルRNA-Seqは、遺伝子および転写産物の量を正確に測定し、既知および新規のトランスクリプトームの特性を同定することができます。
トータルRNA-Seqは、正常なサンプルまたは低品質のサンプルで最適なカバレッジを提供します。種特異的リボソームのRNAプローブは、豊富なRNA種を効率的に除去できます。これにより、ライブラリーキャプチャーの対象となる断片化された転写産物と完全な転写産物の両方が残ります。
トータルRNAシーケンスの利点
トータルRNA-Seqは、コーディングRNAと複数のノンコーディングRNAの両方を解析し、トランスクリプトームを包括的に把握します。
- 既知の特徴だけでなく、新規の特徴もキャプチャー
- 研究者は、幅広い転写産物のバイオマーカーを同定可能
- 目的の表現型をより包括的に理解可能
- 幅広いダイナミックレンジで全トランスクリプトームのプロファイリングが可能
全ゲノムアレイからトータルRNAシーケンスへの移行
Dr. Avrum Spira（ボストン大学医療センター呼吸器科医・集中治療医）は、肺疾患の潜在的なバイオマーカーを研究するために、全ゲノム遺伝子発現アレイを使用してサンプルを分析することを目標にラボを設立しました。Spira研究室が、トータルRNA-Seqを活用して、発現アレイでは検出できない可能性のある新規および希少な転写産物をどのように探索しているかをご紹介します。
ケーススタディを読む
がんにおける長鎖ノンコーディングRNAの役割を解読する
Biogazelleの研究者たちは、RNA-Seqを使用して、lncRNAがどのように細胞特異的であるかを解明しています。彼らは、特定のlncRNAをサイレンシングすると、がん細胞の破壊に役立つことを発見しました。
インタビューを読む
トータルRNAシーケンスのワークフロー
イルミナのSequence by Synthesis（SBS）ケミストリーは、最も幅広く採用されている次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%を生成しています。*
イルミナは、高品質のデータに加えて、ライブラリー調製からデータ解析、生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合型全トランスクリプトームシーケンスのワークフローを提供します。
トータルRNA-Seq向けライブラリー調製
イルミナの充実したRNA-Seqライブラリー調製ポートフォリオには、豊富なrRNAの除去機能が含まれているため、トランスクリプトームの高価値な部分に集中することができます。
詳細はこちらRNA シーケンス検討事項
遺伝子発現プロファイリング、ターゲットRNA発現、small RNA解析、など、それぞれのRNA-Seq実験によって、必要とされるリード長や深度は異なります。このページでは、実験において考慮すべき点をレビューしています。実験計画にご活用ください。
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NGSを使用した希少な未診断の遺伝性疾患の研究
全エクソームシーケンスとトランスクリプトームシーケンスは、希少な疾患に関連する変異とパスウェイを解明する上で有益であることが実証されています。
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RNAシーケンスの方法
このRNAシーケンス手法ガイドは、ターゲットパネルから全トランスクリプトームまで、RNAプロファイリングのためのイルミナのソリューションについて解説します。イルミナのRNAシーケンスワークフローは、ライブラリー調製、シーケンシング、データ解析をシームレスに統合し、トランスクリプトーム研究をサポートします。
ガイドをダウンロード主な製品
NextSeq 1000 & 2000 Systems
Groundbreaking benchtop sequencers allow you to explore new discoveries across a variety of current and emerging applications, with higher efficiency and fewer restraints.
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Illumina Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit
The stand-alone Illumina Ribo-Zero Plus kit allows for ribosomal RNA removal in human, mouse, rat, and bacterial samples.
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Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus
Rapid library preparation from a broad range of sample types for studying the coding and non-coding transcriptome with unparalleled study flexibility.
Learn More関連ソリューション
がん研究 遺伝子発現の研究
コーディングRNAバイオマーカーとノンコーディングRNAバイオマーカーの両方における遺伝子発現の変化をトータルRNA-Seqでモニタリングすることで、研究者はどのバリアントが腫瘍の分類と進行に影響するかを把握することができます。がんRNA-Seqの詳細はこちら。
アグリゲノム：ディープトランスクリプトームシーケンス
植物は大きく、反復的なゲノムを持っているため、発現の弱い遺伝子のシーケンスが困難になることがあります。ウルトラディープRNAシーケンスなら、これらの遺伝子の解析を容易にすることができます。植物シーケンスの詳細はこちら。
複雑な疾患バイオマーカーの同定
複雑な疾患の研究者がトータルRNA-Seqを使用すると、1回の解析でコーディングRNAと複数の形態のノンコーディングRNAを研究できるため、幅広い疾患関連バイオマーカー候補を視覚化することができます。複雑な疾患研究の詳細はこちら。
RNAベースの薬剤応答性バイオマーカーの探索
RNA-Seqを使って、新規のRNAに基づく薬剤応答性バイオマーカーを同定する方法をご紹介します。新規ユーザーがこのアプリケーションを使用するためのリソースにアクセスできます。医薬品開発のためのRNAバイオマーカー解析の詳細はこちら。
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Additional Resources
RNA-Seq データ解析
ユーザーフレンドリーなソフトウェアツールが、バイオインフォマティクスの経験がなくても、生物学者のためのmRNA-Seqデータ解析を簡素化させます。
低クオリティと FFPE サンプルのための RNA-Seq
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE)および低クオリティサンプルのRNA-Seqにより、疾患研究のための価値のある情報をもたらします。
ペアエンド RNA シーケンス
ペアエンドRNA-Seqにより融合遺伝子や新規スプライスアイソフォームの特徴づけなどの探索アプリケーションを可能にします。
*データ計算はファイルに保存しています。Illumina, Inc., 2015