Illumina Complete Long Read with Enrichment, Human

ヒトゲノムのマッピング困難な領域に対処するための、費用効率に優れ、柔軟性のある、ターゲット化したロングリードソリューション。

約2日

アッセイ時間

約6時間

ハンズオンタイム

50 ng DNAを推奨。最低10 ng DNA

インプット量

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概要

Illumina Complete Long Reads with Enrichment, Humanは、低インプットDNAからの高精度で費用対効果の高いターゲットロングリードを可能にします。このライブラリー調製キットは、ロングリードを利用することで費用効果の高い洞察をもたらし、標準的なショートリード全ゲノムをターゲット化したロングリードパネルで補完することで、最大限の価値を提供します。備考:解析には、ターゲット化したロングリードを補完するために、同じサンプルから得られた30倍以上の標準的なショートリードWGSデータが必要です。

主な特長

  • 既製パネル、設計済みパネル、またはカスタムパネルと互換性のある、柔軟性の高いターゲット化したロングリード

  • N50 5~7 kbのターゲット化したロングリードにより、ヒトゲノムのマッピング困難な領域のカバレッジを強化

  • 最も高い価値をもたらすターゲット化したロングリーによる費用効果の高い洞察

  • 標準的な次世代シーケンサー(NGS)ライブラリー調製ワークフローと、Illumina NovaSeq X、NovaSeq 6000、NovaSeq 6000Dx(RUOモード)システムによりアクセス可能

  • 合理化された包括的なDRAGENアプリを使用して、30倍以上の標準的なショートリードヒト全ゲノムと組み合わせて解析


仕様


必要な製品

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Humanには、ターゲット化したロングリードライブラリーを生成するためのコア試薬が含まれています。エンリッチメント用のプローブパネルをご購入ください。このパネルは、DesignStudioカスタムアッセイデザインツールで、既製ヒト包括的パネル(別売りまたはキットの一部として購入可能)またはプレデザインパネルまたはカスタムパネルのいずれかです。 

どのアクセサリーが必要ですか?

イルミナ独自のデュアルインデックスと、スループットに基づくデータストレージと解析のニーズを満たすのに十分なiCreditが必要です。

Illumina Complete Long Read with Enrichment解析には、同じサンプルからの標準的なショートリード≥ 30 x全ゲノムライブラリーが必要です。Illumina DNA PCR-Free Prepは、標準的なショートリード全ゲノムのライブラリー調製に推奨されます。サードパーティ製WGSキットにも互換性があります。マークされていないライブラリーは、並行して調製またはシーケンスする必要はありません。以前にアッセイしたサンプルからのFASTQファイルを使用できます。

/ 結果

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human

カスタムパネル

3
データ解析

DRAGEN ICLR (Illumina Complete Long Read) with Enrichmentアプリ


プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

Human Comprehensive Panel: 24 samples per S4 flow cell Large panels (15–25 Mb): ~75 samples per S4 flow cell Medium panels (5–15 Mb): ~187 samples per S4 flow cell Small panels (> 5 Mb): ~375 samples per S4 flow cell

2 × 150

NovaSeq X System

Human Comprehensive Panel: 24 samples per 10B flow cell, 64 samples per 25B flow cell Large panels (15–25 Mb): ~75 samples per 10B flow cell, ~200 samples per 25B flow cell Medium panels (5–15 Mb): ~187 samples per 10B flow cell, ~500 samples per 25B flow cell Small panels (> 5 Mb): ~375 samples per 10B flow cell, ~1000 samples per 25B flow cell

2 × 150

NextSeq 2000 System

Human Comprehensive Panel: 3 samples per P3 flow cell Large panels (15–25 Mb): ~9 samples per P3 flow cell Medium panels (5–15 Mb): ~22 samples per P3 flow cell Small panels (> 5 Mb): ~45 samples per P3 flow cell

2 × 150

関連するアプリケーションとメソッド

ドキュメント

製品資料

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Illumina Complete Long Read with Enrichment, Human Illumina Complete Long Read Prep, Human Illumina DNA Prep with Exome 2.5 Enrichment
アッセイ時間 約2日 約7.5~8.5時間 6.5時間
説明 柔軟性と費用対効果の高いターゲットロングリードとショートリードデータの組み合わせた高精度WGS。事前に設計されたパネルまたはカスタムパネルと組み合わせて、ゲノムのマッピングが困難な領域を解決するか、関心領域に段階的シーケンスを追加します。 Illumina Complete Long Read Prep, Humanは、既存のIllumina NovaSeqプラットフォームを使用して、ロングリードヒト生殖細胞系列の全ゲノムシーケンスを実行します。 費用対効果と信頼性の高いヒト全エクソームシーケンスのための最新のエクソームコンテンツの集中エンリッチメントプローブパネルを備えた、エンリッチメントワークフローによる高速で使いやすいライブラリー調製。
ハンズオンタイム 約6時間 5~6時間(PCRおよびQCを含む) 約2時間
インプット量 50 ng DNAを推奨。最低10 ng DNA DNA 50 ng推奨 50~1,000 ngの高品質ゲノムDNA(直接血液および唾液については、リファレンスガイドを参照)
システム NovaSeq X System, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NovaSeq 6000Dx Instrument, NovaSeq X System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode, NovaSeq X System, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
手法 Custom sequencing, Targeted DNA sequencing, Long-read sequencing, Phased sequencing, Whole-genome sequencing, Target enrichment Long-read sequencing, Whole-genome sequencing Targeted DNA sequencing, Exome sequencing, Target enrichment
マルチプレックス レーンあたり最大384サンプル(パネルのターゲットサイズとシーケンス出力によって異なります) 最大48 最大12プレックスの濃縮前プーリングをテスト。キット構成は、最大192サンプルのマルチプレックスをサポートします。最大384まで可能です。
Nucleic acid type DNA DNA DNA
反応数 24または96回 8または24
Specialized sample types Blood, Not FFPE-compatible, Saliva Blood, Not FFPE-compatible, Low-input samples, Saliva Blood, Saliva
Species category ヒト ヒト ヒト
ターゲットインサートサイズ インサートサイズ:500~700 bp、リード長:N50 5~7 kb 500~700 bp
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Germline variants, Structural variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) Short tandem repeats (STRs), Germline variants, Structural variants, Single nucleotide variants (SNVs), Insertions-deletions (indels) Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Loss of heterozygosity (LOH), Somatic variants, Germline variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

ターゲット化したロングリードで困難な領域での精度を向上

(A)Human Comprehensive Panelまたは(B)CMRG PanelがターゲットとするHG002遺伝子領域の一塩基多型(SNP)およびIndelに対する偽陰性(FN)および偽陽性(FP)バリアントコールを、Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment(オレンジ)を使用して、標準的なショートリードWGS(青)と比較します。

whole-genome coverage

困難な領域の費用効果の高いヒト全ゲノムカバレッジ

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Humanは、困難な遺伝子領域のカバレッジを強化し、標準的なショートリードヒトWGSを補完します。標準的なショートリードWGSおよびIllumina Complete Long Read with Enrichmentを使用してシーケンスしたRHCEのIGVプロット。ターゲット領域は赤色で示されています。

 

haplotypes in polymorphic genes

多型遺伝子のハプロタイプ解決に役立つターゲット化したロングリード

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Humanを使用したロングリードシーケンスからのIGVプロット。MHC座位の722 kb領域でのフェージング。580 kb領域(ピンク)は、1つのフェージングブロックに封入されています。

 

haplotypes in polymorphic genes

多型遺伝子のハプロタイプ解決に役立つターゲット化したロングリード

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Humanを使用したロングリードシーケンスからのIGVプロット。HLA-C遺伝子は完全にフェージングされています。リードはハプロタイプで区切られています。

 

リソース

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human Comprehensive Panel (24 samples)

20113834

ロングリードヒト全ゲノムシーケンス(WGS)アプリケーションに役立つ領域に対応するように設計されたプローブパネルを備えたライブラリー調製および濃縮ソリューション。

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human Comprehensive Panel (96 samples)

20113835

ロングリードヒト全ゲノムシーケンス(WGS)アプリケーションに役立つ領域に対応するように設計されたプローブパネルを備えたライブラリー調製および濃縮ソリューション。

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Illumina Human Comprehensive Panel (24 samples)

20113836

ロングリード全ゲノムシーケンス(WGS)アプリケーションに役立つヒトゲノムの領域をターゲット化するためにデザインされたハイブリダイゼーションキャプチャープローブパネル。

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Illumina Human Comprehensive Panel (96 samples)

20113837

ロングリード全ゲノムシーケンス(WGS)アプリケーションに役立つヒトゲノムの領域をターゲット化するためにデザインされたハイブリダイゼーションキャプチャープローブパネル。

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インデックスアダプター (4)

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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データ解析および保存 (3)

Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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アクセサリー製品 (2)

Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (24 Samples)

20041794

24ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (96 Samples)

20041795

96ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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NovaSeq Xシリーズの注文

進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。

MiSeq Reagent Kit v3

クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。

TruSight Oncology 500

すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ(TMB、MSIおよびHRD)をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。

Illumina DNA Prep

幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。

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