Illumina Human Comprehensive Panel
製品

Illumina Human Comprehensive Panel

Illumina Complete Long Read with Enrichmentのライブラリー調製キットを使用して、タンパク質コード遺伝子内のマッピング困難な領域のカバレッジを強化するための最適化されたデザイン済みパネル。必要な30倍以上の標準的なショートリード全ゲノムと組み合わせて解析。

約2日

アッセイ時間

約6時間

ハンズオンタイム

50 ng DNAを推奨。最低10 ng DNA

インプット量

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概要

イルミナのHuman Comprehensive Panelは、ゲノムで最大の価値を提供するロングリードに焦点を合わせています。 ターゲットロングリードは、高精度のショートリードWGSを補完し、PrecisionFDAF1 Truth Challenge v2ベンチマークで測定される99.87%（SNVs + Indels）のF1 スコアで卓越した小型バリアント精度を提供する包括的なヒト全ゲノムソリューションを作成します。

費用効果が高く、焦点を絞ったロングリード

Illumina Complete Long Read Prep with EnrichmentおよびHuman Comprehensive Panelは、イルミナのプラットフォームと組み合わせることで、他のロングリードシーケンスソリューションよりも高いサンプルスループットを達成できます。より広範にバリアントを発見するためのリフレックスツールとして、既存のWGSデータセットを補強するために使用します。

包括的で最適化されたプローブパネル

イルミナのHuman Comprehensive Panelは、>6500のタンパク質コード遺伝子内のターゲットロングリードから恩恵を受ける幅広い遺伝子領域のカバレッジを強化しています。2 このパネルの開発では、20,000を超えるタンパク質コード遺伝子の全セットが検討されました。ショートリードのみで包括的にカバーされている遺伝子は除外されました。このパネルは出荷準備が整っており、Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Humanでの使用に最適化されています。

  • ゲノムのタンパク質コード領域内のマッピング困難な領域のカバレッジを強化するために設計された、高度に最適化されたパネル
  • 低カバレッジ領域に対応するためにIllumina Complete Long Readを使用して、合計90 Mb超をターゲット化した、6,500を超える遺伝子に対応する広範なパネル

参考文献

  1. PrecisionFDA. Truth Challenge V2: Calling Variants from Short and Long Reads in Difficult-to-Map Regions. https://precision.fda.gov/challenges/10
  2. Bekritsky MA, Colombo C, Eberle MA. Identifying Genomic Regions with High Quality Single Nucleotide Variant Calling. illumina.com/science/genomics-research/articles/identifying-genomic-regions-with-high-quality-single-nucleotide-.html

仕様

アッセイ時間 約2日
Automation capability Liquid handling robots
説明 6,599のタンパク質コード遺伝子内のマッピングが困難な領域に対応するように事前設計、最適化されたパネル。
ハンズオンタイム 約6時間
インプット量 50 ng DNAを推奨。最低10 ng DNA
システム NovaSeq X System, NovaSeq 6000Dx in Research Mode, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用機序 タグメンテーション, ランドマーク, ビーズ結合トランスポソーム, ハイブリッドキャプチャー化学
手法 Targeted DNA sequencing, Long-read sequencing, Whole-genome sequencing, Target enrichment
マルチプレックス 最大64サンプル
Nucleic acid type DNA
サンプルタイプ Blood, Not FFPE-compatible, Low-input samples, Saliva
Species category ヒト
テクノロジー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Short tandem repeats (STRs), Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Germline variants, Structural variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs)

必要な製品

パネル単体またはキットの一部としてご注文いただけます。Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment、Human（24または96サンプル）およびイルミナのユニークデュアルインデックスが必要です。スループットに基づいたデータ保存と解析のニーズを満たすために十分なiCreditを購入してください。

Illumina Complete Long Read with Enrichmentのデータ解析には、同じサンプルからの標準的なショートリード30倍以上の全ゲノムライブラリーが必要です。Illumina DNA PCR-Free Prepは、標準的なショートリード全ゲノムのライブラリー調製に推奨されます。以前にランしたサンプルからのFASTQファイルを使用できます。 

/ 結果

アプリケーション

ワークフローの例

1
調製

推奨： Illumina DNA PCR-Free、タグメンテーション

2
シーケンス
3
アンレーズ

DRAGEN ICLR (Illumina Complete Long Read with Enrichment)

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NovaSeq 6000 System

24 samples per S4 flow cell, 10 samples per S2 flow cell, 4 samples per S1 flow cell, 2 samples per SP flow cell
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended)

2 × 150

NovaSeq X System

64 samples per 25B flow cell, 24 samples per 10B flow cell, 4 samples per 1.5B flow cell
A paired PCR-free WGS library is required for analysis (Illumina DNA PCR-Free Prep recommended)

2 × 150

関連するアプリケーションとメソッド

ヒト全ゲノムシーケンス

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ドキュメント

製品資料
サポートドキュメント

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図

ターゲット化したロングリードを使用して、困難なタンパク質コード領域を解決

Illumina Complete Long Read Prep with EnrichmentおよびHuman Comprehensive Panelは、困難な遺伝子領域のカバレッジを強化し、標準的なショートリードヒトWGSを補完します。標準ショートリードWGSと濃縮したイルミナ完全ロングリードを用いてシーケンスした STRC のIGVプロット。

ターゲット化したロングリードを使用して、困難なタンパク質コード領域を解決

Illumina Complete Long Read Prep with EnrichmentおよびHuman Comprehensive Panelは、困難な遺伝子領域のカバレッジを強化し、標準的なショートリードヒトWGSを補完します。標準的ショートリードWGSおよびIllumina Complete Long Read with Enrichmentを使用してシーケンスされたNEBのIGVプロット。

ターゲットロングリードにより、困難な領域でも精度を向上

Human Comprehensive Panelがターゲットとする遺伝子領域の一塩基多型（SNP）およびIndelに対する偽陰性（FN）および偽陽性（FP）バリアントコールを、Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment（オレンジ）を使用して、標準的なショートリードWGS（青）と比較します。

ライブラリー調製 (8)

Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human (24 samples)

20113832

A library preparation and enrichment solution for long-read human whole- genome sequencing (WGS) applications

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human (96 samples)

20113833

A library preparation and enrichment solution for long-read human whole- genome sequencing (WGS) applications.

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human Comprehensive Panel (24 samples)

20113834

ロングリードヒト全ゲノムシーケンス（WGS）アプリケーションに役立つ領域に対応するように設計されたプローブパネルを備えたライブラリー調製および濃縮ソリューション。

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, Human Comprehensive Panel (96 samples)

20113835

ロングリードヒト全ゲノムシーケンス（WGS）アプリケーションに役立つ領域に対応するように設計されたプローブパネルを備えたライブラリー調製および濃縮ソリューション。

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, HCP-24, S4 Starter Pack

20113838

This package contains 1 ICLR ENR-24 sample kit, 1 HCP-24, 1 NovaSeq 6000 S4 (300) cyc kits, and support 24 analyses

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Illumina Complete Long Read Prep with Enrichment, HCP-24, 10B Starter Pack

20113839

This package contains 1 ICLR ENR-24 sample kit, 1 HCP-24, 1 NovaSeq X 10B (300) cyc kit, and support for 24 analyses

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Illumina Human Comprehensive Panel (24 samples)

20113836

ロングリード全ゲノムシーケンス（WGS）アプリケーションに役立つヒトゲノムの領域をターゲット化するためにデザインされたハイブリダイゼーションキャプチャープローブパネル。

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Illumina Human Comprehensive Panel (96 samples)

20113837

ロングリード全ゲノムシーケンス（WGS）アプリケーションに役立つヒトゲノムの領域をターゲット化するためにデザインされたハイブリダイゼーションキャプチャープローブパネル。

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インデックスアダプター (5)

Illumina Unique Dual Indexes, LT (48 indexes, 48 samples)

20098166

Illumina Unique Dual Indexes, LT (48 indexes, 48 samples)

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091654

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set A, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091656

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set B, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091658

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set C, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)

20091660

Illumina® DNA/RNA UD Indexes Set D, Tagmentation (96 Indexes, 96 Samples)には、96サンプルのラベリングに十分な96、10 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。

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データ解析および保存 (3)

Illumina Analytics - 1 iCredit

20042038

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  Starter Pack - 1,000 iCredits

20042039

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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Illumina Analytics  - 5,000 iCredits

20042040

iCreditは、BaseSpace Sequence HubまたはIllumina Connected Analyticsのデータ保存や解析に使われます。

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アクセサリー製品 (2)

Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (24 Samples)

20041794

24ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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Illumina® DNA PCR-Free Prep, Tagmentation (96 Samples)

20041795

96ライブラリー調製用の試薬とイルミナ精製ビーズが含まれます。インデックスアダプターは別売りです。

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