希少バリアント解析と解釈

希少疾患研究のための包括的なバリアント解析と解釈

ラボを成長に導く合理化された遺伝性疾患ワークフロー

遺伝子変異の解析の効率化

希少遺伝子およびその他の生殖細胞系列バリアント解析のための現在のツールは断片化されており、多くの場合、別々の統合作業とメンテナンススケジュールを必要とする複数のパイプラインが関係しています。このばらばらなフレームワークは、ラボがサービスを効果的に拡張するのを防ぎます。今日、ハイスループットラボでは、バリアントコーリング、インサイトの生成と解釈のサポート、包括的でシームレスな方法でのレポート作成のための直感的なツールが必要です。

EmedgeneはDRAGENと統合されており、これらすべての機能をすぐに統合できます。接続されたワークフロー内の1つのソフトウェアインターフェースからバリアントを呼び出し、優先順位付けし、レポート作成することで、希少なバリアント解析と研究アプリケーションの解釈 を簡素化します。Emedgeneは、全ゲノム、全エクソーム、ターゲットパネルまたはバーチャルパネルシーケンスを使用してバリアントを評価し、遺伝性疾患に関連する洞察を生成する中~ハイスループットラボに最適です。

包括的で正確で効率的なバリアントコールをサポートするDRAGEN二次解析の詳細をご覧ください。

EmedgeneとDRAGENの統合と、研究レポート生成によるバリアント解釈の効率化についての詳細をご覧ください。 DRAGEN  

起動モーダル
レアバリアント解析、合理化。

 包括的なバリアントコーリングと解釈により、重要な答えを迅速に見つけることができます。

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DRAGEN精度グラフ

PrecisionFDA v2 Truth Challenge Benchmark Dataを用いたF1スコアのすべての参加ソリューションと比較した、全ベンチマーク領域における最も正確な二次解析

正確で包括的なバリアントコール

DRAGEN二次解析は、自動処理と迅速なターンアラウンドタイムにより、高精度の希少バリアントコールと解析を提供します。DRAGENマルチゲノム(グラフ)リファレンスと機械学習(ML)を搭載したこのスイートは、以下のような主要なバリアントタイプと機能について、正確で包括的、かつ効率的な識別を実行します。

  • 小型バリアント
  • コピー数バリアント(CNV)
  • 構造多型
  • ミトコンドリアバリアント
  • リピート伸長
  • ホモ接合性ラン
  • パラログ(SMN1/SMN2など)
  • 臨床的に重要な遺伝子への挑戦
  • 多数のファーマコゲネス
  • 性染色体低アリル頻度バリアント
  • ハプロイド種と性染色体のインピュテーション

一度に複数のタイプを解析して視覚化することで、バリアントカテゴリー全体の複合ヘテロ接合性を簡単に確認できます。DRAGEN v4.2の機能は、Emedgeneで希少バリアントの統合解析と解釈に利用できるようになりました。

希少バリアント解析と解釈

三次解析ワークフローの効率化

Emedgeneは、解釈ワークフローを合理化し、バリアントキュレーションの負担を軽減するために遺伝学者によってデザインされました。自動化された説明可能なAI(XAI)搭載のゲノム解析プラットフォームにより、ハイスループットな解釈が可能になり、効率が2~5倍向上し、被験者あたりのワークフロー時間合計が50~75%短縮されます。

説明可能なAI(XAI)と自動化

ブラックボックスは一切ありません。EmedgeneのXAIは、ワークフローの効率と信頼性を高めるために、透明性のあるエビデンスに裏付けられた推定原因バリアントを優先します。Baylor Genetics*の研究では、関連する洞察の優先順位付けにおいて、EmedgeneのXAIの精度は97%(3人で98%)であることが明らかになりました。非常に正確で透明性の高いXAIは、通常数時間の手動研究を必要とする複雑なデータセットで、さらなるレビューのためにバリアントを自動的に提案することができます。

*参考文献:https://ggc.org/in-the-news-app/ggc-reduces-turn-around-time-on-genomic-analysis-by-75-with-emedgenes-ai-platform

 

MCUEmedgeneの機械学習は、バリアント解析の非常に複雑なタスクを簡素化し、毎日より多くのテストを処理できるようにします。

Dr. Ray Louie、PhD
Greenwood Genetic Center、アシスタントディレクター

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統合された希少バリアント解析ワークフロー

Emedgeneは、DRAGENなどの二次解析ソリューション、Illumina Connected Analyticsなどのデータストレージプラットフォーム、電子カルテ(EHR)プラットフォームと統合することで、シーケンスから研究レポートの作成まで、またその先まで、シームレスで安全なソリューションを提供します。

Emedgeneデータシートを見る

成長の原動力

Emedgeneは、一塩基バリアント(SNV)、挿入/欠失(indel)、コピー数バリアント(CNV)、ミトコンドリアDNAバリアント(mtDNA)、構造バリアント(SV)、およびショートタンデムリピート(STR)など、アプリケーションやバリアントタイプにわたるバリアント解釈のためにWGS、WES、ターゲットパネル、仮想パネルをスケールします。

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参考文献
  1. Miller NA, Farrow EG, Gibson M, et al.A 26-hour system of highly sensitive whole genome sequencing for emergency management of genetic diseases. Genome Med. 2015;7:100. doi: 10.1186/s13073-015-0221-8.