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Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit

メタトランスクリプトミクス研究のために、複雑な微生物サンプル（糞便など）から望ましくない宿主および汎細菌rRNAを迅速かつ効率的に除去。

概要

Illumina Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kitは、糞便を含む複雑な微生物サンプルのメタトランスクリプトームシーケンス用のRNAから解析までの合理化されたソリューションです。

主な特長

  • 不要なリードを減らし、発現した細菌RNAのカバレッジを高めることで、より深い解析を行い、微生物の活性に関する洞察を得ます。

  • 実証済みのRibo-Zero Plus酵素的リボデプレーションテクノロジーを使用して、成人と乳児のヒトの腸に共通する細菌から不要なrRNAを除去し、ヒトとマウスから宿主RNAを除去します。

  • BaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリに無料でアクセスして、複雑なメタトランスクリプトームを解析します。

仕様

説明 本製品は複雑な微生物サンプルから豊富なrRNA転写産物を除去するため、研究者はメタトランスクリプトームの高価値で有益な部分に集中できます。このキットには、データ分析と視覚化を簡素化するためのBaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリへのアクセスが含まれています。
インプット量 標準品質トータルRNA25～1,000 ng
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq 6000 System
作用機序 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
手法 Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing
Nucleic acid type RNA
Specialized sample types Microbiome samples
Species category マウス, ヒト, ラット, Bacteria
テクノロジー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Novel transcripts, Transcript variants

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit

2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 Recommended number of samples Read length
NextSeq 550 System

Mid output: 2 High output: 8 (based on 25-50 million reads per sample)

2 x 75 bp
NovaSeq 6000 System

Whole Transcriptome Analysis: SP: 16  S1: 32  S2: 82   S4: 200 samples per run (based on 25-50 million reads per sample)

2 × 100 bp

関連するアプリケーションとメソッド

NGSによるヒトマイクロバイオーム解析

Analyze the human microbiome using NGS methods such as shotgun metagenomics, 16S rRNA metagenomics, and metatranscriptomics.

微生物ゲノム

Next-generation sequencing (NGS) is changing microbial genomics. Use NGS to discover novel microbes, monitor outbreaks, analyze food sources, and more.

ドキュメント

製品資料
Support documentation

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製品比較

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome
説明 本製品は複雑な微生物サンプルから豊富なrRNA転写産物を除去するため、研究者はメタトランスクリプトームの高価値で有益な部分に集中できます。このキットには、データ分析と視覚化を簡素化するためのBaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリへのアクセスが含まれています。 低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 
インプット量 標準品質トータルRNA25～1,000 ng 標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1～1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 
システム NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq 6000 System NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NovaSeq X System, NextSeq 500 Desktop Sequencer, NovaSeq 6000 System, NovaSeq X Plus System
作用機序 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
手法 Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing Whole-transcriptome sequencing, Metatranscriptome sequencing
Nucleic acid type RNA RNA
Specialized sample types Microbiome samples Microbiome samples, Low-input samples, FFPE tissue
Species category マウス, ヒト, ラット, Bacteria マウス, ヒト, ラット, Bacteria
テクノロジー イルミナシーケンサー イルミナシーケンサー
バリアントクラス Novel transcripts, Transcript variants Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Novel transcripts, Transcript variants

図

Ribo-Zero Plus Microbiome Depletionキットによる強固なリボ枯渇

Ribo-Zero Plus Microbiome Depletionキットは、単一のチューブによる反応で、ヒトと細菌種のrRNA（5S、16S、23S）を効率的に除去します。得られる結果を、Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kitと、X社製の市販のリボソームRNA除去キットと比較してあります。2つの糞便サンプルを検査しました。サンプル1は成人と幼児の糞便サンプルを含んだ混合サンプルで、サンプル2はZymo社（カタログ番号：6331）由来の市販の糞便サンプルです。

リソース

メタトランスクリプトミクスによる偏りのない微生物プロファイリング

DiversigenおよびDNA GenotekのDr. Tonya Ward、Dr. Emily Hollister、Dr. Le Françoisが、メタトランスクリプトーム研究のワークフローをどのようにして開発したのか、未来に潜在的に強い影響力を持つこの研究分野に対する彼らの見解を参照してください。

スポットライトを見る

メタトランスクリプトミクス：課題と機会

このウェビナーでは、この分野の3名の著名な専門家がサンプルの収集と処理、rRNA枯渇、およびバイオインフォマティクス解析に関する洞察と重要な検討事項を共有します。

ウェビナーを視聴

Illumina® Ribo-Zero Plus rRNA Microbiome depletion kit (96 Samples)

20072062

96サンプル用のRibo-Zero Plusキットに含まれるマイクロバイオームやターゲットによく見られる多様なバクテリアからリボソームRNAを枯渇させるためのRibo-Zero Plusマイクロバイオーム枯渇モジュールが含まれます。ライブラリー調製試薬を含む完全なキットについては、Ribo-Zero Plus Microbiomeキット付きIllumina Stranded Total RNAを注文してください。

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Illumina® Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome (96 Samples)

20072063

96ライブラリー調製用の試薬とRibo-Zero Plus Microbiome Depletionモジュールが含まれます。IDT for Illumina RNA UDインデックス、Ligationとのみ互換性があります。インデックスは別売りです。

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