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Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit

メタトランスクリプトミクス研究のために、複雑な微生物サンプル（糞便など）から望ましくない宿主および汎細菌rRNAを迅速かつ効率的に除去。

概要

Illumina Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kitは、糞便を含む複雑な微生物サンプルのメタトランスクリプトームシーケンス用のRNAから解析までの合理化されたソリューションです。

主な特長

  • 不要なリードを減らし、発現した細菌RNAのカバレッジを高めることで、より詳細な分析を行い、微生物の活動に関する洞察を得ます。

  • 実証済みのRibo-Zero Plus酵素リボデプレッションテクノロジーにより、成人および乳児のヒトの腸に共通するバクテリアだけでなく、ヒト、マウスの宿主RNAから不要なrRNAを除去します。

  • BaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリへの無料アクセスで、複雑なメタトランスクリプトームを解析します。

仕様

説明 本製品は複雑な微生物サンプルから豊富なrRNA転写産物を除去するため、研究者はメタトランスクリプトームの高価値で有益な部分に集中できます。このキットには、データ分析と視覚化を簡素化するためのBaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリへのアクセスが含まれています。
インプット量 標準品質トータルRNA25～1,000 ng
システム NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq 6000システム, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム
作用機序 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
手法 全トランスクリプトームシーケンス, メタトランスクリプトームシーケンス
核酸の種類 RNA
対応サンプルタイプ マイクロバイオームサンプル
生物種カテゴリー マウス, ヒト, ラット, 細菌
テクノロジー シーケンス
バリアントクラス 新規点転写産物, 転写産物バリアント

アプリケーション

ワークフローの例

1
ライブラリー調製

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit

2
シーケンス
3
解析

プロジェクトの推奨事項

装置 推奨サンプル数 リード長
NextSeq 550システム

中間出力：2 高出力：8（サンプルあたり2,500万～5,000万リードに基づく）

2 x 75 bp
NovaSeq 6000システム

全トランスクリプトーム解析：SP：16  S1：32  S2：82  S4：ランあたり200サンプル（サンプルあたり2,500万～5,000万リードに基づく）

2 x 100 bp

関連するアプリケーションと手法

ヒトマイクロバイオーム解析

ショットガンメタゲノミクス、16S rRNAメタゲノム、メタトランスクリプトミクスなどのNGS法を使用して、ヒトマイクロバイオームを解析します。

微生物ゲノム

次世代シーケンサー（NGS）は、微生物ゲノミクスを変化させています。NGSを使用して、新規の微生物の発見、感染拡大の監視、食料源の分析などを行うことができます。

宿主と病原体の相互作用解析

次世代シーケンサーを用いて、宿主と病原体の遺伝子発現を研究し、マイクロバイオームが病原体やワクチンへの奏功にどのように影響するかを解析します。

ドキュメント

製品資料
Support documentation

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製品比較

Ribo-Zero Plus Microbiome rRNA Depletion Kit Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus or Ribo-Zero Plus Microbiome
説明 本製品は複雑な微生物サンプルから豊富なrRNA転写産物を除去するため、研究者はメタトランスクリプトームの高価値で有益な部分に集中できます。このキットには、データ分析と視覚化を簡素化するためのBaseSpace Microbiome Metatranscriptomicsアプリへのアクセスが含まれています。 低RNAインプットや低品質サンプルから全トランスクリプトームシーケンシング対応ライブラリーを調製し、幅広いRNA-Seqアプリケーションをサポートします。豊富なトランスクリプトーム解析を容易にするため、複数種からrRNAとグロビンRNAを単一チューブで除去するRibo-Zero Plusが含まれています。 
インプット量 標準品質トータルRNA25～1,000 ng 標準品質のRNA検体にはトータルRNA 1～1,000 ng、最適パフォーマンスとFFPE検体にはトータルRNA 10 ng以上を推奨 
システム NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq 6000システム, MiSeq i100 Plusシステム, MiSeq i100システム NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500システム, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム
作用機序 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加 酵素によるrRNA除去、ライゲーションベースのアダプターおよびインデックスの追加
手法 全トランスクリプトームシーケンス, メタトランスクリプトームシーケンス 全トランスクリプトームシーケンス, メタトランスクリプトームシーケンス
核酸の種類 RNA RNA
対応サンプルタイプ マイクロバイオームサンプル マイクロバイオームサンプル, 少量インプットサンプル, FFPE組織
生物種カテゴリー マウス, ヒト, ラット, 細菌 マウス, ヒト, ラット, 細菌
テクノロジー シーケンス シーケンス
バリアントクラス 新規点転写産物, 転写産物バリアント 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, 新規点転写産物, 転写産物バリアント

図

Ribo-Zero Plus Microbiome DepletionキットによるロバストなrRNAリボデプレッション

Ribo-Zero Plus Microbiome Depletionキットは、シングルチューブによる反応で、ヒトと細菌種のrRNA（5S、16S、23S）を効率的に除去します。Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kitと、X社製の市販のrRNAリボデプレッションキットで得られた結果を比較してあります。2つの糞便サンプルを検査しました。サンプル1は成人と幼児の糞便サンプルを含んだ混合サンプルで、サンプル2はZymo社（カタログ番号：6331）由来の市販の糞便サンプルです。

リソース

メタトランスクリプトミクスによる偏りのない微生物プロファイリング

DiversigenおよびDNA GenotekのDr. Tonya Ward、Dr. Emily Hollister、Dr. Le Françoisが、メタトランスクリプトーム研究のワークフローをどのようにして開発したかについて、また未来に強い影響力を持つ可能性のあるこの研究分野に対する彼らの見解をご覧ください。

スポットライトを表示

メタトランスクリプトミクス：課題と機会

このウェビナーでは、この分野の3名の著名な専門家がサンプルの収集と処理、rRNA除去、およびバイオインフォマティクス解析に関する洞察と重要な検討事項を共有します。

ウェビナーを視聴する

Illumina® Ribo-Zero Plus rRNA Microbiome depletion kit (96 Samples)

20072062

96サンプル用のRibo-Zero Plusキットに含まれるマイクロバイオームやターゲットによく見られる多様なバクテリアからリボソームRNAを枯渇させるためのRibo-Zero Plusマイクロバイオーム枯渇モジュールが含まれます。ライブラリー調製試薬を含む完全なキットについては、Ribo-Zero Plus Microbiomeキット付きIllumina Stranded Total RNAを注文してください。

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Illumina® Stranded Total RNA Prep with Ligation, Ribo-Zero Plus Microbiome (96 Samples)

20072063

96ライブラリー調製用の試薬とRibo-Zero Plus Microbiome Depletionモジュールが含まれます。IDT for Illumina RNA UDインデックス、Ligationとのみ互換性があります。インデックスは別売りです。

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