NovaSeq Xシリーズの注文
進化したケミストリー、光学、インフォマティクスを融合させ、非常に優れたスピードとデータ品質、卓越したスループットとスケーラビリティをお届けします。
AmpliSeq for Illumina Focus Panelは、固形腫瘍との関連性が知られている52の遺伝子のバイオマーカー解析のためのターゲットリシーケンスアッセイです。Focus Panelを使用して、研究者はDNAとRNAの両方を同時に解析できます。
AmpliSeq for Illumina Focus Panel
固形腫瘍との関連が判明している52種の遺伝子を調べるターゲットDNA／RNA研究パネル。
5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない）
アッセイ時間
<1.5時間
ハンズオンタイム
1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨
インプット量
AmpliSeq for Illumina Focus Panelは、中止されたTruSight Tumor 26の推奨代替品です。
概要
主な特長
Focus Panelは、AmpliSeq for Illumina Polymerase Chain reaction（PCR）ベースのライブラリー調製、イルミナのSequence by Synthesis（SBS）次世代シーケンス（NGS）テクノロジー、自動解析を含む統合ワークフローの一部です。
このすぐに使えるパネルは、ターゲットの同定、プライマーの設計、パネルの最適化の時間と労力を節約します。
仕様
| Cancer type | Solid Tumor |
|---|---|
| Method | Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing |
| Specialized sample types | FFPE Tissue |
| Variant class | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) |
| アッセイ時間 | 5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） |
| アンプリコン数 | 合計553（2プール） （DNAプール：269アンプリコン。 RNAプール：284アンプリコン） |
| インプット量 | 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 |
| コンテンツ仕様 | 52のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー |
| ハンズオンタイム | <1.5時間 |
| マルチプレックス | 96のデュアルインデックスの組み合わせ |
| 作用機序 | マルチプレックスPCR法 |
| 核酸の種類 | DNA, RNA |
| 生物種 | ヒト |
| 説明 | 固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。 |
必要な製品
AmpliSeq for Illumina Focus Panelパネルには、DNAとRNAの両方のワークフローが含まれています。 各ワークフローには独自のLibrary PLUS反応およびインデックスアダプターが必要です。RNAワークフローにはcDNA合成も必要です。
/
アプリケーション
ワークフローの例
ライブラリー調製
AmpliSeq for Illumina Focus Panel
プロジェクトの推奨事項
| 装置 | Recommended number of samples | Read length |
|---|---|---|
| iSeq 100 System | 8 samples per run (assumes minimum coverage of 500×) |
2 × 150 bp |
| MiniSeq System | Samples per run: mid output: 16, high output: 48 (assumes minimum coverage of 500×) |
2 × 150 bp |
| MiSeq System | Samples per run (by reagent kit version): v2 micro: 8, v2: 30, v3: 48 (assumes minimum coverage of 500×) |
2 × 150 bp |
関連するアプリケーションとメソッド
ターゲットリシーケンスでは、遺伝子のサブセットまたはゲノム領域を単離しシーケンスすることで、ラボのリソースを節約できます。
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
Our clinical cancer research solutions deliver accurate genomic information, and enable labs to analyze multiple genes in a single test.
ドキュメント
製品資料
Support documentation
- AmpliSeq for Illumina Direct FFPE DNA Kitリファレンスガイド Documentation
- Illumina Adapter Sequences Documentation
- Index Adapters Pooling Guide Documentation
- AmpliSeq for Illumina Focus Panelリファレンスガイド Documentation
- AmpliSeq for Illumina Focus Panel消耗品および機器 Documentation
- イルミナアダプター配列 Documentation
- AmpliSeq for Illumina Focus Panelチェックリスト Documentation
- AmpliSeq for Illumina Focus Panel文書 Documentation
- All AmpliSeq for Illumina Focus Panelのサポート Support
比較する
| AmpliSeq for Illumina Focus Panel | AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3 | AmpliSeq for Illumina Cancer Hotspot Panel v2 | TruSight Tumor 15 | |
|---|---|---|---|---|
| Cancer type | Solid Tumor | Solid Tumor | Pan-Cancer, Solid Tumor | Pan-Cancer, Solid Tumor |
| Method | Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing | Targeted RNA Sequencing, Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing | Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing | Targeted DNA Sequencing, Amplicon Sequencing |
| Specialized sample types | FFPE Tissue | FFPE Tissue | FFPE Tissue | FFPE Tissue |
| Variant class | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Gene fusions, Somatic variants, Insertions-deletions (indels), Copy number variants (CNVs) | Single nucleotide polymorphisms (SNPs), Somatic variants, Insertions-deletions (indels) | Somatic variants, Insertions-deletions (indels) |
| アッセイ時間 | 5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） | 5～6時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） | 5時間（時間はライブラリー調製のみを表し、ライブラリー定量、ノーマライゼーション、プーリングは含まない） | 7時間 |
| アンプリコン数 | 合計553（2プール） （DNAプール：269アンプリコン。 RNAプール：284アンプリコン） | 合計4,648、4プール（DNAプール1：1,891アンプリコン。DNAプール2：1,890アンプリコン。RNAプール1：447アンプリコン。RNAプール2：420アンプリコン。） | 合計207（1プール） | |
| インプット量 | 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 | 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 | 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 |
FFPE DNA 20 ng |
| コンテンツ仕様 | 52のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット | 161のがん遺伝子のDNAおよびRNAターゲット | がんとの関連性が確認されている50の遺伝子のホットスポット | 固形腫瘍に関連する15の遺伝子から250アンプリコンを増幅 |
| システム | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム | NextSeq 550 Desktop Sequencer, NextSeq 2000 System, NextSeq 1000 System, NextSeq 550Dx in Research Mode | MiSeq Desktop Sequencer, iSeq 100 System, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム | MiSeq Desktop Sequencer, MiSeqDx in Research Mode, MiniSeqシステム |
| テクノロジー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー | イルミナシーケンサー |
| ハンズオンタイム | <1.5時間 | <1.5時間 | <1.5時間 | 3.5時間 |
| マルチプレックス | 96のデュアルインデックスの組み合わせ | 96のデュアルインデックスの組み合わせ | 96のデュアルインデックスの組み合わせ | 1～24プレックス |
| 作用機序 | マルチプレックスPCR法 | マルチプレックスPCR法 | マルチプレックスPCR法 | |
| 核酸の種類 | DNA, RNA | DNA, RNA | DNA | DNA |
| 生物種 | ヒト | ヒト | ヒト | ヒト |
| 説明 | 固形腫瘍がんに関連する52の遺伝子の体細胞解析研究。 | 固形がんに関連する遺伝子*のホットスポットおよび完全長ターゲットに関する身体解析研究。 | 50のがん関連遺伝子のホットスポット領域に関する身体解析研究。 |
20 ng DNAを用いた固形腫瘍の15の一般的な変異遺伝子に対するNGSアッセイ。 |
図
高いカバレッジ均一性とオンターゲットアライメント
さまざまな品質のFFPE組織およびHDサンプルから抽出されたDNAを、AmpliSeq for Illumina Focus Panelを使用して評価し、MiniSeqおよびMiSeqシステムでシーケンスしました。Cqは、FFPE組織からDNAが分離される品質の指標です。
予想されるバリアント頻度と検出されたバリアント頻度の一致率が高い
ホルマリン固定HDサンプルからのDNAをAmpliSeq for Illumina Focus Panelを用いて評価し、MiniSeqおよびMiSeqシステムでシーケンスしました。結果は、予想される検出バリアント頻度間の100%の一致を示しました。
パネル (2)
AmpliSeq™ Focus Panel for Illumina®
20019164
SNV、インデル、CNVおよび遺伝子融合をターゲットとするフォーカスDNAおよびRNAターゲットパネル。キットには24の反応が含まれます。Library PLUSおよびインデックス付きアダプターは別売です。
List Price:
Discounts:
Ampliseq™ for Illumina® Focus Panel MiSeq Kit
20024183
AmpliseqフォーカスパネルMiSeqキットには、48サンプル用のライブラリー調製試薬とMiSeqシーケンス試薬が含まれています。これには、2台のAmpliSeq for Illumina® Focus Panel、1台のAmpliseq−(* for Illumina® Library PLUS（96反応）、1台のAmpliseq−(* for Illumina® CD Indexes Set A、および2台のMiSeq Reagent Kits v2 300サイクルが含まれます。
List Price:
Discounts:
ライブラリー調製 (3)
AmpliSeq™ Library PLUS (24 Reactions) for Illumina®
20019101
24ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ Library PLUS (96 Reactions) for Illumina®
20019102
96ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ Library PLUS (384 Reactions) for Illumina®
20019103
384ライブラリー調製用の試薬が含まれます。AmpliSeq for Illuminaパネルとインデックスアダプターは別売りです。
List Price:
Discounts:
インデックスアダプター (6)
AmpliSeq™ UD Indexes for Illumina® (24 Indexes, 24 Samples)
20019104
24サンプルのラベル付けに十分な24インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ CD Indexes Set A for Illumina®
20019105
96サンプルにラベル表示できる96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ CD Indexes Set B for Illumina®
20019106
96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ CD Indexes Set C for Illumina®
20019107
96サンプルのラベルに十分な96インデックスを含みます。ライブラリー調製試薬と濃縮試薬およびプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ CD Indexes Set D for Illumina®
20019167
96サンプルにラベル付けするのに十分な96、8 bpのインデックスを含みます。ライブラリー調製試薬とプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ CD Indexes Set A-D for Illumina® (384 Indexes, 384 Samples)
20031676
イルミナ、セットA、セットB、セットCおよびセットDの4セットのAmpliSeq CDインデックスが含まれます。各セットには96サンプルにラベルを付けるのに十分な96、8 bpのインデックスが含まれます。ライブラリー調製パネルとプローブパネルは別売りです。
List Price:
Discounts:
アクセサリー製品 (4)
Ampliseq™ cDNA Synthesis for Illumina®
20022654
AmpliSeq for Illumina RNA Panels（AmpliSeq for Illumina Immune Response、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panel、Myeloid、Transcriptome Human Gene Expression、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom RNA PanelまたはCommunity RNA Panelsなど）で作業する場合、全RNAをcDNAに変換するための反応ミックスと酵素ブレンドが含まれます。反応の数はパネルによって異なります（例：AmpliSeq for Illumina Immune Response、Focus、Comprehensive Panel v3、Custom Panelについては1キットあたり100反応、AmpliSeq for Illumina Transcriptome Human Gene Expression、Myeloid、Immune Repertoire Plus、TCR Beta Panelについては1キットあたり200反応）。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ for Illumina® Sample ID Panel
20019162
AmpliSeq Library PLUS for Illuminaとペアにすると、96反応に十分な8つの一塩基多型（SNP）ターゲットプライマーペアと1つの性差別プライマーペアが含まれます。迅速かつ正確なサンプル同定を可能にします。ライブラリー調製、プローブパネル、インデックスアダプターは別途ご購入ください。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ for Illumina® Direct FFPE DNA
20023378
AmpliSeq for Illuminaプロトコールを使用したライブラリー構築のために、非染色スライドマウントFFPE組織からDNAを調製するための24の反応を含み、脱パラフィンやDNA精製は必要ありません。
List Price:
Discounts:
AmpliSeq™ Library Equalizer for Illumina®
20019171
AmpliSeq for Illuminaライブラリーをシーケンス用に調製する場合のライブラリーノーマライゼーション用のビーズと試薬が含まれます。
List Price:
Discounts:
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製品一覧
製品名
カタログ番号
量
単価
-
カタログ番号:数量:
MiSeq Reagent Kit v3
クラスター密度とリード長が向上する最適化された試薬キットで、以前のバージョンと比較してシーケンス品質スコアが向上します。
TruSight Oncology 500
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSIおよびHRD）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現。
Illumina DNA Prep
幅広いシーケンスアプリケーションで使用するためのライブラリー調製のための高速で統合されたワークフロー。
AmpliSeq for Illumina Immune Response Panel
腫瘍と免疫系の相互作用に関わる395遺伝子を対象とした標的RNA発現パネル。
TruSight Hereditary Cancer Panel
遺伝的がんリスク素因に関連する113の遺伝子および125のSNPにわたる生殖系列変異を評価するターゲットシーケンスパネル。
iSeq 100 Reagents
iSeq 100システム用の試薬は、1チャンネルSBSケミストリーとCMOSテクノロジーを備えたすぐに使えるカートリッジで、シンプルかつ低コストのシーケンスを実現します。
AmpliSeq for Illumina Custom RNA Panel
最大1200の関心ゲノムターゲットのシーケンスに最適化されたターゲット化されたカスタムRNA研究パネル。
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
シーケンス固有のターゲットまたは興味のあるゲノムコンテンツにに最適化されたターゲットカスタムリサーチパネル。
AmpliSeq for Illumina Comprehensive Panel v3
広範囲のがん型との関連が判明している161種のバリアントを調べるためのターゲットDNA／RNA研究パネル。
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