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AmpliSeq for Illumina
AmpliSeq for Illumina

AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Research Panel

このシーケンスパネルは、SARS-CoV-2ウイルスを研究するための迅速、正確、かつ費用対効果の高い手法を提供します。

概要

この研究パネルには、SARS-CoV-2ゲノムをターゲットとする2つのプールに247個のアンプリコンが含まれています。このパネルには、コロナウイルスゲノムの>99%カバレッジ（約30kb）が含まれ、すべての潜在的な血清型をカバーしています。

コミュニティパネル機能

AmpliSeq for Illumina Community Panelはオーダーメイドです。当社ではお客様の便宜のためにデザインを提供していますが、関連するパフォーマンスメトリクスはありません。事前にデザインされテストされたコンテンツについては、 AmpliSeq for Illumina Ready-to-Use Panelsをご覧ください。

AmpliSeq for Illumina Community Panelsには、主要な疾患研究者からの情報に基づいて選択および設計されたコンテンツが含まれています。イルミナコンシェルジュを使用して遺伝子やアンプリコンを追加または削除することで、このコミュニティパネルをそのまま注文したり、ニーズに合わせてパネルをカスタマイズしたりできます。

追加情報

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仕様

インプット量 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨
手法 アンプリコンシーケンス
核酸の種類 RNA
アンプリコン数 合計247（2プール） （プール1：125アンプリコン。プール2：122アンプリコン）
生物種カテゴリー ウイルス
生物種詳細 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3）
テクノロジー シーケンス

必要な製品

コミュニティパネルに加えて、AmpliSeq Library PLUSキットとインデックスアダプターも必要です。

ライブラリーPLUS、アダプター、cDNA合成のご購入

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AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Research Panel Illumina Respiratory Virus Enrichment Kit Respiratory Pathogen ID/AMR Enrichment Panel Kit COVIDSeq テスト（RUOバージョン）
インプット量 1～100 ng、プールあたり10 ngを推奨 10～100 ng 容量に基づく（濃度に依存しない）
手法 アンプリコンシーケンス ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 ターゲットDNAシーケンス, ターゲットRNAシーケンス, ターゲット濃縮 アンプリコンシーケンス, ターゲットRNAシーケンス
核酸の種類 RNA DNA, RNA DNA, RNA RNA
アンプリコン数 合計247（2プール） （プール1：125アンプリコン。プール2：122アンプリコン）
生物種カテゴリー ウイルス ヒト, ウイルス 真菌, ウイルス, 細菌 ウイルス
生物種詳細 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3） 最近のインフルエンザウイルス株やSARS-CoV-2を含む一般的な呼吸器系ウイルスを検出します。このパネルには、品質機能としてヒトターゲットへのプローブが含まれているため、アッセイに使用したすべてのサンプルでヒトターゲットを検出できます。 呼吸器病原体（180以上の細菌、50以上の真菌、SARS-CoV-2を含む40以上のウイルス）および抗菌薬耐性アリル（1200以上）を検出します。 SARS-CoV-2（SARS-CoV-2_ MN908947v3）
テクノロジー シーケンス シーケンス シーケンス シーケンス

パネル (1)

AmpliSeq™ SARS-CoV-2 Research Panel for Illumina®

20020496

特定のターゲットまたは関心のあるゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムアンプリコンパネル。Library PLUSおよびインデックス付きアダプターは別売です。

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よくある質問（FAQ）

AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Community Panelは、AmpliSeq for Illuminaライブラリー調製、インデックス、アクセサリーと組み合わせて、SARS-CoV-2ウイルスの疫学研究のためのターゲットRNA/cDNAアンプリコンアッセイです（研究用のみ）。このパネルは2プールデザインであり、247のアンプリコン/プライマーペア（242の固有アンプリコン（プール1：125アンプリコン、プール2：122アンプリコン）：237のウイルス特異的SARS-CoV-2ターゲットおよび5つのヒト遺伝子発現コントロール）を含み、ウイルスゲノムの>99%およびウイルスのすべての潜在的な血清型をカバーする長さ125～275 bpsの範囲です。

このパネルは、研究用（RUO）アプリケーションのみを対象としており、診断手順では使用できません。いかなる主張または表現も、パネルが感染の診断、予防、または管理に使用される可能性があることを示す情報を提供することを意図したものではありません。

ウイルスRNAを単離できる市販の抽出キットを評価することをお勧めします。QIAGEN QIAmp Viral RNA Mini Kit（PN 52904）は、次世代シーケンサーライブラリー調製やその他の社内検査法での使用に互換性があることが実証されています。バックオーダーの場合、他社から市販されている抽出キットにも互換性がある必要があります。

詳細については、以下のリソースを参照してください。

AmpliSeq for Illumina SARS-CoV-2 Community Panelのライブラリー調製は、AmpliSeq for Illumina Custom and Community Panelsリファレンスガイドに従います。第3章 RNAパネルのプロトコール（https://support.illumina.com/downloads/ampliseq-for-illumina-custom-and-community-panels-reference-guide-1000000036408.html）。

“Amplify cDNA Targets”で、次の手順に進みます。

  • AMP_RNAプログラム用の2つのプライマープール
  • 表7：18サイクルおよび4分でプールあたり97～192のプライマーペア
    • プール1：125アンプリコン/プライマーペア、プール2：122アンプリコン/プライマーペア
  • 表8：サンプル品質とサンプルインプットに基づいて調整可能

AmpliSeq Library PLUS for Illuminaを使用したライブラリー調製は、すべてのAmpliSeq CDまたはUD Index Sets for Illuminaと互換性があります。

リード深度：サンプルあたり250,000リード。

リード長：2 x 151 bp

プラットフォーム：AmpliSeq for Illuminaライブラリーは、iSeq 100、MiSeq、MiniSeq、NextSeqシステムと互換性があります。

MyIlluminaカートにパネルを追加し、チェックアウトした後、パネルの注文を受け取ります。パネルにはソリューションIDが明記されている必要があります。IAACY126664577_100。

サンプルスループットに応じて、お客様は以下も注文する必要があります。

ライブラリー調製
インデックスアダプター
アクセサリー製品

1つの注文には、2250サンプルの調製に十分なオリゴが含まれています。

1回の注文=2,223米ドルで2,250サンプル（約9ドル/アンプリコン）を調製できます。これには、AmpliSeq Library PLUS for Illumina、Ampliseq cDNA Synthesis for Illumina、AmpliSeq CDまたはUD Indexes for Illuminaは含まれません。

BaseSpace Sequence Hub DNA Amplicon または DRAGEN Metagenomics Pipeline アプリは、データ解析に使用できます。

その他のご質問は、 techsupport@illumina.comまでお問い合わせください。

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