RRBS-Seq/scRRBS
RRBS-Seq/scRRBS
還元型バイサルファイトシーケンス（RRBS-Seq）またはシングルセル還元型バイサルファイトシーケンス（scRRBS）は、ゲノムDNA上の1つまたは複数の制限酵素を使用してシーケンス特異的な断片化を生成するプロトコールです。次に、断片化されたゲノムDNAを亜硫酸水素塩で処理し、シーケンスします。これは、特定の関心領域を研究するための最適な方法です。プロモーターやリピート領域など、メチル化が高い場合に特に効果的です。
長所：
- 単一塩基分解能で島のCpGをゲノムワイドにカバー
- CpGメチル化の密集した領域をカバー
短所：
- 特定の部位で切断される制限酵素により、バイアスされたシーケンス選択が可能
- ゲノム中の全CpGの10～15%を測定するメソッド
- 5mCと5hmCを区別できない
- 非CpG領域、ゲノムワイドCpG、および酵素制限部位のない領域でのCpGはカバーしません
メソッドのリンク：
引用：
- Guo H., Zhu P., Guo F., Li X., Wu X., et al. （2015年）単一細胞低発現バイサルファイトシーケンスによる哺乳類細胞のDNAメチロームランドスケープのプロファイリング。Nat Protoc 10：645-659
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- Zhang G., Esteve P. O., Chin H. G., Terragni J., Dai N., et al. (2015) RNA媒介性の小さなDNA（シトシン-5）メチルトランスフェラーゼ1の阻害は、異常なDNAメチル化につながります。核酸Res 43：6112-6124