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TruPath Genomeは、包括的なヒト全ゲノムバリアント検出のための最もシンプルなワークフローを提供し、最小限のハンズオンタイムとシームレスな統合によって、NovaSeq Xシリーズと連携します。
Illumina TruPath Genome
従来のライブラリー調製を必要とせず、わずか約10分のハンズオンタイムで、高精度かつ包括的な生殖細胞系列ヒト全ゲノムシーケンスを実現します。
約29時間
アッセイ時間
～10分
ハンズオンタイム
350 ng
インプット量
TruPath Genomeには、NovaSeq X Systemソフトウェアバージョンv1.4以降が必要です。
概要
仕様
| アッセイ時間 | シーケンス時間を含めて約29時間 |
|---|---|
| 説明 | マッピングが難しい領域を解決し、構造的バリアント検出と段階的なリードとバリアントコールを改善した包括的なゲノムを提供します |
| ハンズオンタイム | ～10分 |
| インプット量 | 350 ng |
| システム | NovaSeq Xシステム, NovaSeq X Plusシステム |
| 作用機序 | オンフローセルタグメンテーション |
| 手法 | 全ゲノムシーケンス |
| 核酸の種類 | DNA |
| 反応数 | キットあたり2または8サンプル |
| サンプルタイプの詳細 | 高分子量DNA抽出キットを推奨 |
| 対応サンプルタイプ | 血液, 口腔スワブ, 唾液 |
| 生物種カテゴリー | ヒト |
| テクノロジー | シーケンス |
| バリアントクラス | ショートタンデムリピート（STR）, 1塩基変異多型（SNP）, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）, 遺伝子再構成 |
必要な製品
TruPath Genomeキットには、NovaSeq X C2またはC8フローセル、TruPath試薬、ソフトウェアバージョンv1.4以降のNovaSeq XまたはNovaSeq X Plusシステム用の必要なシーケンス品、DRAGEN Germline解析が含まれます。
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件
アプリケーション
TruPath Genomeは、カバレッジの向上、高精度バリアント検出、さらには前例のないシンプルさによって、ヒト全ゲノムシーケンスを可能にします。
ワークフローの例
プロジェクトの推奨事項
| 装置 | 推奨サンプル数 | リード長 |
|---|---|---|
| NovaSeq Xシステム | 1ランあたりC2フローセルで2サンプル、1ランあたりC8フローセルで8サンプル |
2 × 150 bp |
| NovaSeq X Plusシステム | シングルC2フローセルランで2サンプル、デュアルC2フローセルランで4サンプル、シングルC8フローセルランで8サンプル、デュアルC8フローセルランで16サンプル |
2 × 150 bp |
関連するアプリケーションおよび手法
マップリードテクノロジーにより、長距離ゲノム情報を解明し、マッピングが困難な領域を解決して、シーケンスワークフローを簡素化します。
フェージングされたシーケンスでは、母親由来と父由来のアリルを区別できます。この情報は遺伝性疾患の研究に有用です。
ドキュメント
製品資料
製品比較
| Illumina TruPath Genome | TruSeq DNA PCR-Free | Illumina DNA PCR-Free Prep | |
|---|---|---|---|
| アッセイ時間 | シーケンス時間を含めて約29時間 | アッセイの合計所要時間は5時間 | 約1.5時間 |
| 説明 | マッピングが難しい領域を解決し、構造的バリアント検出と段階的なリードとバリアントコールを改善した包括的なゲノムを提供します | ゲノムの困難な領域を配列解析できる、全ゲノムシーケンスのためのシンプルで包括的なPCR-Free Prep。 | PCRフリーケミストリーとオンビーズタグメンテーションのユニークな組み合わせを使用して、高感度アプリケーション用のシーケンスライブラリーを調製します。これにより、PCRによるバイアスを排除すると同時に、ライブラリー調製の合計時間が90分に短縮されます。 |
| ハンズオンタイム | ～10分 | 4時間 | 約45分 |
| インプット量 | 350 ng | DNA 1 ug | 25 ng～300 ng |
| システム | NovaSeq Xシステム, NovaSeq X Plusシステム | MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiSeqDx システム研究（RUO）モード, MiniSeqシステム, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム | MiSeqシステム, NextSeq 550システム, NextSeq 2000システム, NextSeq 1000システム, MiSeqDx システム研究（RUO）モード, NextSeq 550Dx システム研究（RUO）モード, NovaSeq Xシステム, NextSeq 500 System, NovaSeq 6000システム, NovaSeq X Plusシステム |
| 作用機序 | オンフローセルタグメンテーション | メカニカルDNA断片化とアダプターライゲーション。ワークフローはPCRフリー、ゲルフリー。 | ビーズ結合トランスポソーム |
| 手法 | 全ゲノムシーケンス | シーケンスによるジェノタイピング, 全ゲノムシーケンス, ショットガンシーケンス | de novoシーケンス, 全ゲノムシーケンス |
| 核酸の種類 | DNA | DNA | DNA |
| 反応数 | キットあたり2または8サンプル | ||
| サンプルタイプの詳細 | 高分子量DNA抽出キットを推奨 | ||
| 対応サンプルタイプ | 血液, 口腔スワブ, 唾液 | FFPE非対応 | 血液, FFPE非対応, 少量インプットサンプル, 唾液 |
| 生物種カテゴリー | ヒト | その他, 哺乳類, マウス, ヒト, ラット, 植物 | Any species, ヒト |
| テクノロジー | シーケンス | シーケンス | シーケンス |
| バリアントクラス | ショートタンデムリピート（STR）, 1塩基変異多型（SNP）, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 1塩基変異（SNV）, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV）, 遺伝子再構成 | 1塩基変異多型（SNP）, 融合遺伝子, ヘテロ接合性欠失（LOH）, 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） | ショートタンデムリピート（STR）, 1塩基変異多型（SNP）, 体細胞バリアント, 染色体変異, 生殖細胞系列バリアント, 構造バリアント, 挿入 欠失（Indel）, コピー数バリアント（CNV） |
選択ツール：
ニーズに応じたシーケンスライブラリー調製キットまたはマイクロアレイを見つけてください。手法、生物種などでフィルタリングします。キットを比較、共有、注文します。
リソース
動画資料
イルミナマップリードテクノロジー
イルミナマップリードテクノロジー
近接マップリードテクノロジーをご紹介します。迅速なオンフローセルライブラリー調製に加え、近接するナノウェル由来の近接情報を活用する新しいインフォマティクスにより、長距離ゲノム情報からの洞察取得と卓越した全ゲノムアッセイ性能を実現します。
Dr Steve Barnardがマッピングされたリードテクノロジーを紹介
Dr Steve Barnardによるマップリードテクノロジーのご紹介
イルミナのCTOであるSteve Barnard PhDが、ヒトゲノムシーケンス用のマップリードテクノロジーを紹介し、Broad Clinical Labsの会長兼CSOのNiall Lennon PhDと共に、予備データと洞察についてお話しします。。
その他のリソース
TruPath Genomeは、様々な由来のDNAサンプル、品質の異なるサンプル、および複数の入力量において優れた性能を発揮します。
フローセル上でのライブラリー調製およびクラスターの近接情報を組み合わせることで、長距離のゲノム情報を解明し、新たな洞察をもたらします。
マップリードテクノロジーは、極めて簡素化されたNGSワークフローを採用しており、フローセル上でライブラリ調製ができるため、シーケンス前の標準的なライブラリー調製は一切不要です。。
全国で希少疾患診断を支援する8つの学術センターの1つであるUMC Utrechtでhead of Genome Diagnosticsを務めるMarcel Nelenが、自身の経験や印象、この技術が臨床ゲノミクスにとってどのような意味を持つのかを共有します。
バンドルソリューション (2)
Illumina TruPath™ Genome (NovaSeq™ X C8 flow cell)
20157405
内容：C8フローセル、TruPath Reagentキット、Lyoインサート、ライブラリーストリップチューブ、300cシーケンスカートリッジ、バッファーカートリッジ。
Illumina TruPath™ Genome (NovaSeq™ X C2 flow cell)
20157406
内容：C2フローセル、TruPath Reagentキット、Lyoインサート、ライブラリーストリップチューブ、300cシーケンスカートリッジ、バッファーカートリッジ。
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よくある質問
TruPath Genomeは、近接マップリードテクノロジーを採用しています。近接マップリードテクノロジー</a>を採用しています。近接マップリードとは、近傍のナノウェルのクラスター由来の近接情報と組み合わされた標準ショートリードであり、正確な長距離ゲノムの洞察を生成します。このワークフローにより、元の長いDNAテンプレートとその結果得られる短いリードとの関連性が維持され、構造多型の検出、遺伝的バリアントの超長期フェージング、ゲノムのマッピングが困難な領域での解像度の向上が実現します。
TruPath Genomeの最初のリリースは、ヒト全ゲノムシーケンス用に設計されています。
オールインTruPath Genomeキットには、試薬とその他の必要なシーケンス用品が含まれています。 TruPath Genomeの 最新バージョン は NovaSeq Xシリーズでv1.4ソフトウェア以降 を用いてシーケンス を行う必要があります。DRAGEN Germlineによる 解析は、ローカルDRAGENサーバーまたはクラウドベースのIllumina Connected Analyticsで行うことができます。
精製したゲノムDNAを TruPath タグメンテーション バッファーで希釈し、ライブラリーチューブストリップに添加した後、 NovaSeq X試薬カートリッジに挿入します。さらに、 TruPath 試薬をカートリッジに添加します。カートリッジおよびフローセルをNovaSeq X シリーズにロードし、ランを開始します。ハンズオンタイムは約10分です。
DRAGEN Germlineは、生殖細胞系列バリアント検出のための二次解析を行います。データ解析は、ローカルDRAGENサーバーまたはIllumina Connected Analyticsを介してクラウドで実行できます。この解析は、シーケンスデータとナノウェル近接情報を組み合わせ、DNAをリファレンスシーケンスに対してアライメントします。近接マップリード情報を活用することで、これまでリファレンスゲノムにマッピングできなかったリードや、低い信頼度でしかアライメントできなかったリードを、より正確に割り当てることが可能になります。
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TruSight Oncology 500 High Throughput
すべての主要なバリアントクラスとFFPE組織からの遺伝子シグネチャ（TMB、MSI）をカバーする大規模な腫瘍横断型パネルでCGPを実現し、スケーラビリティを強化します。
TruSight Oncology 500 ctDNA v2
主要な免疫腫瘍学遺伝子シグネチャ（TMB、MSI）に加えて、血漿中のctDNAからすべての主要なバリアントクラスを検出できる汎がん （Pan-Cancer）パネルでCGPを可能にします。
TruSight Oncology 500 v2
FFPE組織から、すべての主要バリアントクラスに加え、重要なバイオマーカー（TMB、MSI、HRD）を網羅する大規模な汎がん（Pan-Cancer）パネルでCGPを実現します。
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DRAGEN Array は、Infiniumマイクロアレイのための正確で包括的かつ効率的な二次解析を提供します。
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