ターゲットRNAシーケンス
ターゲットRNAシーケンス入門
ターゲットRNAシーケンス（RNA-Seq）は特定の目的転写産物を選択してシーケンスする高精度な手法です。定量的情報および定性的情報の両方が得られます。ターゲットRNA-Seqは、濃縮アプローチまたはアンプリコンベースのアプローチで実現できます。このいずれのアプローチでも、フォーカスした一連の目的遺伝子における遺伝子発現解析が可能です。濃縮アッセイでは、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織も含めたさまざまな種類のサンプルにおいて、既知および新規の遺伝子融合パートナーを検出することも可能です。
ターゲット濃縮RNA-Seqの利点
RNA濃縮により、発現に関する定量的情報が得られ、さらに小さなバリアントや遺伝子融合を検出することができます。RNA濃縮には以下の特長があります：
- FFPE組織などの難しいサンプルに対応
- 少ないインプット量（トータルRNAで10 ng、FFPE RNAで20～100 ng）
- 既知および新規の融合遺伝子パートナーの両方を検出可能
- 幅広いダイナミックレンジの遺伝子発現プロファイリングが可能
ターゲットアンプリコンRNA-Seqの利点
RNA発現パネルは、目的のRNA配列にフォーカスして設計することも、完全最適化され実験で検証されたパネルにカスタムコンテンツを追加することもできます。
- 目的の転写産物を測定するための精度と特異性の高い手法を実現
- 発現差解析、アリル特異的発現の測定、および遺伝子融合の検証のための定性的・定量的情報を提供
- 数十から数千に及ぶターゲットを同時に測定可能
- 低品質RNAサンプルやFFPE由来のRNAサンプルに対応
RNAシーケンスライブラリー調製
ターゲットRNAシーケンス用のRNA-Seqライブラリー調製ソリューションには、RNAエクソームを含む多くの目的の転写産物を深く洞察するための、非常に高速なタグメンテーションベースのワークフローが含まれています。
RNAライブラリー調製の詳細はこちらRNA シーケンス検討事項
遺伝子発現プロファイリング、ターゲットRNA発現、small RNA解析、など、それぞれのRNA-Seq実験によって、必要とされるリード長や深度は異なります。このページでは、実験において考慮すべき点をレビューしています。実験計画にご活用ください。
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ターゲットRNA-Seqワークフロー
イルミナのsequencing by synthesis（SBS）ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。
ライブラリー調製からデータ解析および生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合されたターゲットRNA-Seqワークフローを提供します。
関連ソリューション
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TruSeqターゲットRNA発現解析用固定パネル（神経変性、p53、アポトーシス、幹細胞など）は販売を終了いたしました。今後は、AmpliSeq for Illumina Custom RNA Panelのご利用をおすすめいたします。イルミナは、お客様に高品質のサポートとサービスをご提供するために尽力し続けています。
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Additional Resources
RNA-Seq Methods Review
This overview discusses recent RNA-Seq research publications featuring Illumina technology.
タッチパネル操作のインフォマティクス
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Targeted RNA-Seq and Circadian Rhythms
Dr. Hughes at University of Missouri-St. Louis uses targeted RNA-Seq to uncover the genetic mechanisms of circadian rhythms.
FFPE RNA-Seq Tips
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RNA-Seq データ解析
ユーザーフレンドリーなソフトウェアツールが、バイオインフォマティクスの経験がなくても、生物学者のためのmRNA-Seqデータ解析を簡素化させます。
ペアエンド RNA シーケンス
ペアエンドRNA-Seqにより融合遺伝子や新規スプライスアイソフォームの特徴づけなどの探索アプリケーションを可能にします。
*Data calculations on file.Illumina, Inc., 2015