Australia Genomics Center、世界中の研究者と連携するためにサービスを拡大
NovaSeq 6000システムのシーケンスコストが低いため、新しいプロジェクトと顧客の成長が加速します。
Australia Genomics Center、世界中の研究者と連携するためにサービスを拡大
サマリー
概要
Deakin Genomics Centreは、より大規模で野心的なシーケンスプロジェクトを提供し、実行したいと考えていました。
課題
大規模なシーケンスプロジェクト向けに拡張し、多様なアプリケーションをサポートするハイスループットNGSシステムを見つける。
ソリューション
Chris Austin教授と彼のチームはNovaSeq 6000システムを選びました。
利点
NovaSeq 6000システムは、ディーキン大学の研究とゲノミクスハブとしてのセンターの成長をサポートし、国際的な協力者から関心を集めています。
はじめに
Chris Austin博士は、2017年後半にDeakin Genomics Centreを設立しました。1 当初、シーケンスプロジェクトをサポートするMiSeq−(*システムがありました。MiSeqシステムは当初、微生物シーケンスと浅いゲノムスキミングに使用されました。間もなく、Deakin Genomics CentreはMiSeqシステム能力を超えた、より大規模で野心的なプロジェクトの要請を受けました。同社は、HiSeq−(* Systemsを使用してサービスプロバイダーにシーケンスのアウトソーシングを開始しました。データ品質は良好でしたが、これは高価なオプションであり、所要時間も長くなっていました。
オースティン教授は、大規模なシーケンスプロジェクト"のためにスケールアップできるハイスループット次世代シーケンス（NGS）システムを購入する方が良いことに気づきました。また、ターゲット、全ゲノムシーケンス（WGS）、全エクソームシーケンス（WES）、RNA-Seqなど、多様なアプリケーションをサポートできるシステムも必要でした。イルミナのMiSeqシステムによる優れたサポートを受けました。その結果、NovaSeq 6000システムを選ぶ自信が生まれました。
ハイスループットシーケンス以上のものを提供
NovaSeq 6000システムは、Deakin Universityの研究能力を強化するだけではありません。ゲノミクス准教授であり、Deakin Genomics CentreのマネージャーであるLarry Croft氏によると、NGSを教育プログラムに組み入れることができました。今日では、学部生や大学院生がラボに来て、ライブラリー調製の方法を学ぶことができます。すべてのボタンを押すわけではありませんが、NovaSeq 6000システムが何を実現できるかがわかり、NGSとゲノミクスの概念全体を理解しています。
NovaSeq 6000システムは、ゲノミクスハブとしてのDeakin Genomics Centreの成長もサポートしています。Austin教授によると、オーストラリアの主要都市"以外にはNovaSeq 6000システムしかありません。"ディーキンの研究者にとって貴重なプラットフォームとなり、国際的な協力者や研究パートナーから関心を引く重要な資産となっています。ゲノミクスに関して当社と提携するだけでなく、学生やスタッフをディーキン大学にトレーニングのために派遣しています。これは、この新しいインフラとNovaSeq 6000システムの存在から、当社が恩恵を受けるもう1つの方法です。"
ディーキン大学と世界中の研究を加速
NovaSeq 6000システムにより、Deakin Genomics Centreは大規模なシーケンスを実施しています。オースティン教授は、ゲノムアセンブリだけを行うのではなく、何千もの異なる個人のサンプルに対して同時にWGSを実施したり、浅いスキムシーケンスを実施して選択的繁殖と進化研究をサポートしたりできます。汎用性が高く、RNA-Seqも実行できます。
"数千の異なる個人のサンプルに対して同時にWGSを実施したり、浅いスキムシーケンスを実施して選択的繁殖と進化研究をサポートしたりできます。"
使いやすいシステムにより、新しいスタッフはその操作方法を迅速に学ぶことができました。Croft准教授によると、"ライブラリー調製も高速で、スループットも驚異的です。"2日間で、わずか1つのフローセルで約4テラバイトのデータを生成できます。理論的には、2日ごとに8テラバイトのデータを生成できます。これは当社の能力の大きな変化です。1つのゲノムをシーケンスする代わりに、数百、あるいは数千のゲノムを同時にシーケンスすることを検討することができます。
Croft准教授は、一度に複数のプロジェクトを実行できる柔軟性が気に入っています。"Croft准教授は、4つの異なるフローセルレーンで多くの異なるプロジェクトのサンプルを読み込むことができます。1回のランで、トランスクリプトームシーケンスとゲノムシーケンスに異なる断片サイズのサンプルが混合できます。
シーケンスコストの低減により、より多くのプロジェクトを惹きつける
NovaSeq 6000システムは、Deakin Genomics Centreのシーケンスコストを大幅に削減しました。\\"シーケンスを使用する新たな可能性を掻き立てた\\"と、Croft准教授は述べました。NovaSeq 6000システムを1年間使用した後、90件のプロジェクトが進行中です。来年は、200～300のシーケンスプロジェクトを予定しています。NovaSeq 6000システムのデータ生成能力に近づいていません。ラボのインフラ、特にバイオインフォマティクスの人材が成長に対応できるようにしています。NovaSeq 6000システムから成長するまでしばらくかかります。
新しい研究の支援
Austin教授によると、The NovaSeq 6000 Systemは、非常に多くの新しい研究機会を生み出し、サポートしています。重要な疑問に答え、解決できない重要な問題に対する答えを見つけています。それがなければ、私たちの研究はかなり歩行者になります。はるかに小規模で、より少ないプロジェクトを実施することになります。
これらの研究の詳細はこちら：
このケーススタディで言及されているシステムの詳細はこちら：
参考文献：
- Deakin Genomics Centre。ディーキン大学。www.deakin.edu.au/life-environmental-sciences/facilities/deakin-genomics-centre. 2019年4月2日にアクセス。